战争到来之际，双方在战略上都未做好准备。南部必须白手起家，成立政府与军事机构，因此没有时间和机会制订战略计划。北部的情况也好不到哪里去，既没有军事机构也没有专人负责制订战略计划，应对内战。因此，战事爆发之初，双方的战略都不过是临时应对的权宜之计。
联邦政府的主要战争目标在于通过迫使脱离联邦的各州重新忠于政府来恢复联邦。而要达成这一目标，除了打破邦联独立美梦，使其相信为之奋斗的目标绝无出路以外别无他途。
因此，北部在战略上主攻。联邦军必须让战争深入南部，粉碎叛军负隅顽抗的意志。这一点将通过四大战略进攻行动完成。此四者根据战局变化，既可同时进行亦可先后实施。
其一，对里士满——位于华盛顿特区以南100英里，1861年3月后成为邦联首都——必须加以占领，并且消灭防御里士满的所有敌军。这一点反映了若米尼占领要地的指导思想。
其二，占领纵贯南部的密西西比河，将叛军领土一分为二，从而使东部得不到来自西部至关重要的食品补给与增援。
其三，夺取距佐治亚州界以北不远、位于田纳西河上游的重要铁路中心查塔努加（Chattanooga），并以此为作战基地对亚特兰大和沿海地区陆续展开大规模强攻，将南部再次分割。
其四，夺取所有南部港口，对整个南大西洋和墨西哥湾海域——北起弗吉尼亚州诺福克市，南抵得克萨斯州加尔维斯顿港——全长约3500英里的海岸线实行全面封锁，从而阻止南部出口棉花和进口战争物资。占领密西西比河和封锁海岸线是斯科特提出的“绞杀计划”的核心，该计划后来被称为“蟒蛇计划”，但未顺利实施。
邦联的战争目标不过是避免失败，尽可能负隅顽抗，拖延战局，直至取胜的代价高到让北方人无法承受，对取胜心生厌倦、要求政府结束战争，从而确保南部获得独立并作为一个独立国家得到承认。在实施这项基本综合战略的过程中，南部将拼死抵挡联邦军队，竭力打破联邦的海上封锁，同时依靠外国援助与认可。可能的话，还会把从南部进口棉花的英国拖入战争，从而使军事天平朝着对南部有利的方向倾斜。
