20世纪80年代，他到德克萨斯州农业机械大学学习计算机。“那时候那里就有点数字时代的味道了，那真是个美好时代，发展前途非常好。”他对我说：“但是，在哪里总有一些事情让我感到沮丧，其中之一就是你总觉得自己好像只是坐在电脑前面的一个人，完全不知道电脑的工作原理是什么。你也不清楚它有何局限，做事情最好的方式是什么。于是，深入问题内部并把它研究清楚，对我来说成了一件重要的事情。”
他修了两个专业，一个是计算机科学，另外一个是电子工程。不过受到他当时学兽医的女朋友的影响，他同时还对遗传学产生了兴趣。（“选择同时修三个专业似乎糟透了。”）
毕业之后，他在休斯顿的美国航天局当过一段时间的程序员。然后他就开始为州政府工作，他将那种工作环境形容为标准的官僚体系，那里的人总是迟到早退，好像那样就能确保自己多活25年一样。麦考利跟我讲，有一次他去开会，那里的同事通常都对解决眼下的问题不怎么上心。“有个人就说：‘行啦，我们又不是在治疗癌症。’然后我就摆出一副‘没错，但我们也不该如此懒散’的样子。”
他又回到母校学习生物化学和生物物理，希望自己能做些更有意义的事情。那时候，人类基因组计划马上就要开始进行，他很快就意识到自己该怎样将自己的技能和兴趣融入这个计划当中。他准确地推测出，这个项目及其使用的技术将会孕育出一片全新的数据海洋。它将改变人们研究生物学的方式。生物学研究再也不会完全被当前的模式统治了。他将这种模式视为一种封建体系，身处其中的实验室主脑都会把签了“卖身契”的研究生关在与世隔绝的实验室里慢慢调教，从不与他人沟通，也不会审视生物学中的各分支是否彼此恰合。
“那种情况会发生变化的。”麦考利说：“人们即将开始思考体制问题。而且没有人会乖乖地将这些想法仅仅封锁在大脑中。”
生物信息学是一种对各种新的生物学研究方法——比如高通量DNA测序技术——产生的数字数据进行整理，并使之变得有意义的科学分支。20世纪90年代晚期，人们开始明白，研究人员无需离开自己的电脑也可以推动生物学的发展。麦考利就在那个时候到斯坦福学习生物信息学，并找到了他的使命所在。
那时候，麦考利白天作为一名生物信息学家，为世界顶级的制造读取DNA的仪器的厂商工作。生物信息学研究几乎不会碰到生物实验。然而，他们的研究工作却是努力读懂生物实验所产生数据的意思，并使其成为可资利用的信息。他们坐在电脑前面，努力将原初的生命密码拼合成能够让人理解的形式。对麦考利来说，这意味着从公司的仪器中产生的大量DNA序列中筛取信息。
那些仪器阅读DNA所使用的方法是，将目标基因组打断成能够处理的DNA片段。仪器能够给每个片段中的每一个碱基加上一个微观荧光标签，而四种碱基的每一个所对应荧光标签的颜色都不一样。应用了最新技术的光学仪器能够读出每一种荧光标签的颜色，然后计算机就能够把序列展示出来。
