制定进军方略
左宗棠在西征军大本营肃州（酒泉）和刘锦棠、刘典等会商了两条原则：先北后南、缓进急攻。
先北后南较容易理解，北疆收复后顺势南下原因有三。首先，清军尚有北疆的哈密、巴里坤、古城、济木萨等军事要点，因此，进兵北疆可以与陕甘连成一片，保证西征军的军事补给。其次，北疆并非阿古柏的守卫重点，进攻北疆相对容易，而且收复之后必然会对收复南疆产生巨大影响。再次，北疆地势高于南疆，以上打下是一个基础的军事原则。
缓进急攻则是谨慎进攻、不与敌人争一时一地，找到敌军主力迅速大兵力进攻，一战决胜的原则。具体说来，就是加强情报工作，了解敌军军力、部署之后测算相应所需的兵力、粮食、运输，根据地理、环境条件，避开冰雪封山、酷热如暑的不力时节进兵。收复之后攻取下一个战略要地时，一定要等待军粮、补给等准备充足后，再进一步进攻。这样，进攻、修整、部署连成一线。
制订完两大原则后，左宗棠又确定了三个战略重镇：乌鲁木齐、阿克苏、玛纳斯。攻占玛纳斯主要是为了防止沙俄进一步向东扩展，降低日后与沙俄冲突的风险。上述内容确定后，收复新疆分为三个步骤：收复北疆，夺取天山险隘达坂城，收复吐鲁番盆地、取南疆。
