左宗棠深知刘锦棠的军事谋略，因此，将西征大权全部交给了刘锦棠。但要求他做好两件事：其一进军要严格执行“缓进急攻”和“先北后南”的原则；其二就是严禁出现类似“肃州杀俘”等问题。只要投降绝不许乱杀，而且要给遣散费，让他们回家。如果不愿回家的则给予钱财、粮种在当地耕作生活。
“严禁杀俘”这个原则执行得非常好，而且其示范效果非常强。例如达坂城司令大通哈（官职）爱德尔呼里宁则愿意归降并且留在中国军营，而且还派人到托克逊劝降阿古柏。达坂城之役的1200多名战俘，只抓了200名外国人送到肃州监狱，其余战俘则给衣服粮食让他们或者回到原籍或者回归原驻地。对于这些人，阿古柏则大伤脑筋，在他们的广播下阿古柏军心涣散。
吐鲁番之战后，清军几乎没有遇到什么像样的抵抗，就连白彦虎的千余部众，左宗棠都没有杀，所以，众多维吾尔族同胞听到真实情况后大为震惊之后便是感动，数座城池官民主动献城归降。而对于放后再被抓的人，例如哨长麻木耳在达坂城放归后又在克库被抓，收复叶尔羌后再次被抓，左氏立刻将其处死。
总体上，整个新疆战役分为三个阶段：第一个收复北疆；第二个打开南疆门户的吐鲁番－达坂城战役，消灭了阿古柏的主力；第三个即收复南疆。1876年六月初一到九月二十一，刘锦棠大军收复乌鲁木齐、玛纳斯等城，其后左宗棠拒绝清廷继续进攻的命令，开始对队伍进行修整。
可以说，收复新疆大部的进展非常迅速，大大出乎所有人的预料。除了左氏战略得当外，刘锦棠将军的指挥才能也不能不谈及。左宗棠西征军进军神速，打乱了沙俄的部署。
