左宗棠对于沙俄的警惕心非常强，因此，他虽然和沙俄签订了供应400万斤粮食的协议，但左宗棠是想以此迷惑沙俄而已。如果仔细一算就能清楚，左宗棠此时在西北有十几万军队，每天每人的粮食以3斤计算的话，400万斤不过10天左右的供给。结果，沙俄方面中计，400多万斤粮食按时运送到了西征前线。事后，沙俄方面对此后悔不已。
作为林则徐衣钵的继承人，左宗棠从林则徐留下的各种情报中，得知沙俄对于西北的侵略之心古已有之。再加上在西北的十年时间，左宗棠更加认定沙俄是收复新疆的第一阻碍因素。因为那时英国已经占领阿富汗、伊朗多年，对于这些国家的消化并未完结，所以英国尚没有更多的余力与中国对抗，反观沙俄则已经真刀真枪地有了动作。
自从朝廷同意左宗棠进兵新疆，并在片面海防和海防塞防的争论中打败李鸿章以来，左宗棠对于西征的信心越来越强。然而，即使在这种情况下，左宗棠仍然要抽出一部分精力来对付李鸿章等人的暗中掣肘。其原因就在于：李鸿章作为地方督抚之首，其淮系掌握着大部分省、辖区的权力，而西征军的军饷主要是由这些省来供应的。
为了筹集军饷，左宗棠不可能不与李鸿章的淮系势力进行各种斗争。虽然左宗棠和李鸿章同属于改革派，但因为林则徐、魏源、左宗棠路线与穆彰阿、曾国藩、李鸿章路线的区别太大，双方的争论再加上战争期间的各种矛盾、双方主帅的个人性格等原因，其矛盾越来越深，最终到了水火不相容的地步。那么，在对待新疆问题上，双方的矛盾是什么呢？
