等到离开陕西，李总管更是毫无顾忌，竟然敢压着岑春煊的奏折，不让皇帝和太后得知。他又像往常一样，恢复了太后的宠信，态度比原来更加骄横。有时候召见大臣，他居然敢不传太后谕旨，只是说自己累了，今天公事太多之类的话。南方各省进贡的物品，都要先放到李总管那儿，他家里几乎都堆满了贡品。上贡的银子，太后拿一半，太监们拿五分之一，其余的交给荣禄，作为饷银来发放。当皇帝、太后在西安和开封的时候，太监们获得的利益很大，因此李莲英不想让太后回到京城，他就用外国人要报仇的谣言恐吓太后。他不希望太后回到京城，也不光是为了敛财，也是由于各国使馆开的黑名单上有他的名字。他命令手下一个姓蔡的太监，每天报告京城里发生的事情。后来庆亲王给李莲英写信，保证回去没有问题。李莲英的心才放宽，不再阻止太后回京城。
当时每个省送到西安行宫的银两有五百多万两，都由李莲英管理，另外有一个姓孙的太监来帮助管理，他也是太后宠信的人。孙太监像李莲英一样作威作福，有一天湖北的银子送到了，都是银元宝。孙太监用宫中的秤称重量，说数目不对。委员回答：“湖北的元宝成色都很好，不会有错。”孙太监发怒，责骂说：“你解过几次贡银，知道什么？”委员虽然害怕，但仍然争辩说没有短缺。孙太监非常恼火，说：“我想你以为老佛爷的秤是假的。”正准备殴打这位委员，太后在屋内听到了，就走了出来，让孙太监把银子搬进屋，自己去称。太后说：“我觉得最近银子很多不够分量，我的太监是要复看的。避免我吃亏。”这位委员垂头丧气地走出来，遇到了内务府大臣继禄，对他说起这件事。继禄说：“我知道你受了苦。近来老佛爷防制太监很严，他们赚不了多少钱。你可以宽恕他们，他们的积蓄大半在北京遗失了。”广东进贡的物品有24种，太监们索要红包，退回去9种，委员们很害怕，害怕太后惩罚他们，不得不向太监行贿，这就是太监赚钱的法门。他们有的借着太后的名义，买东西不给钱，因此西安百姓吃尽了苦头。当时陕西正遇上旱灾，百姓生活更加困苦。以岑巡抚的报告来看，面一磅96文、鸡蛋一枚34文、猪肉一磅400文，有钱也买不到鱼。物价比南方贵了6倍。还有更坏的太监，经常欺负皇帝来取乐，有时候故意激怒皇帝。当时有人传言，说皇帝经常有小孩子脾气，喜欢和太监玩捉迷藏，等太后来了，就退到屋里的角落，一言不发，有时候发脾气，就拿瓷器去砸别人。这些话都是李莲英和那些太监们的谣传，是为了毁坏皇帝的名誉，都不可信。
皇帝和太后回宫后，李莲英的势力更大，宫里面的所有事情，都由他一个人管理。李莲英随着太后的心意，改变原来的想法，开始赞成维新。军机处制定的有关预备立宪的法案，他也经常附和。他经常笑着跟太后说：“老佛爷，我们现在也成假洋鬼子了。”但原先他的权力范围，还有买卖官员的行为，他仍然极力维持下去。光绪二十七年（ 1901 ），两广总督陶模写了一道奏折，认为现在的嫔妃们的数量比原来大大减少，但太监们还和原来一样多，应该大量裁减。他们的工作，应该由宫女代替。李莲英看到这条奏折，先藏起来不上报，等到时机成熟，事先知道太后不会答应，就把奏折递上去。
从这以后，上奏朝廷请示裁减太监的奏报很多，经常听到小道消息说要裁减太监，但是太监的权力还是和原先一样。而且中国忠正廉洁的官员数量不多，表面上实行新政，但涉及到利害关系的弊政，则丝毫不加改革，甚至放到将来，没有期限地拖了下去。内地的报纸，开始还有一两家敢说说这些，后来都被官员们压了下来，逐渐不敢吭声了。
