有意思的是，南北代表协商产生的国民会议代表产生办法，不仅不被袁世凯接受，孙中山也明确表示反对。孙中山是宣统三年十一月初六日上午（1911年12月25日）乘“地湾夏”号抵达上海的，四天后，十一月初十日（12月29日），就被十七省代表选举为中华民国临时大总统。这一天，南北代表举行了第三次会议，决议召开国民会议，以决定君主民主之国体问题。第二天，南北代表举行第四次会议，决定国民会议组织、名额及召集办法。再过一天，中华民国就将宣告成立，临时大总统也将宣誓就职，而南北代表还在讨论由国民会议决定国体问题。可见，国民会议在未召开之初就已陷入了十分尴尬的境地。所以，袁世凯在民国成立的第三天便致电孙中山：“君主、共和问题现方付之国民公决，所决如何，无从预揣，临时政府之说，未敢与闻。”孙中山立马回电告诉他，我之所以不反对议和，是不愿意看到南北发生战争，生灵涂炭，至于“民主、君主不待在计”。（《孙中山年谱长编》，619页）
这样一来，和谈基本上就陷入了停顿状态。1月2日，袁世凯批准了唐绍仪的辞呈，又电请伍廷芳北上与他直接谈判，遭到伍的拒绝。伍廷芳转而请他南下，他自然也难接受。此后的谈判就以电报方式进行，由他直接与伍廷芳交涉。暗地里，杨度与汪精卫亦加紧活动，使得革命党内主张向袁妥协的人占了上风。尽管孙中山一度曾有与袁决裂、准备北伐的打算，但实际上，双方当时都没有本钱打这一仗，所以，最好的办法还是妥协。于是，袁世凯作了让步，接受孙中山提出的“绝对赞同共和主义”、“誓守参议院所定之宪法”等五项条件（同上，636页）；革命党也基本上接受了袁世凯提出的对清室的优待条件。这期间，1月16日，袁世凯遭到北方革命党人的炸弹袭击，幸免于难；十天以后，清室贵族中的少壮派、禁卫军实际上的统领、宗社党核心人物、力主与革命党进行最后之决战的良弼，被革命党人彭家珍以炸弹击中，延至次日不治而亡。这两颗炸弹帮了袁世凯很大的忙，胆战心惊、坐卧不宁的载沣和隆裕太后最终不得不选择退位来保全性命。
1912年2月12日，清帝宣布退位。次日，孙中山提出辞职，但附了三个条件：第一，临时政府地点设在南京；第二，袁大总统来南京就职时，孙大总统及国务各员乃行辞职；第三，袁大总统必须遵守临时制定的约法。孙中山的意图是想用这个办法将袁世凯套牢，确保共和不至半途而废，但袁世凯未必肯上这个圈套。2月15日，南京临时参议院全票选举袁世凯为临时大总统，并派出专使迎接他南下就职，就被他婉转地拒绝了。他在2月21日致电孙中山，在讲了若干不能南行的理由后，又耍了个手腕，说：我“反复思维，与其孙大总统辞职，不如世凯退居，盖就民设之政府，民举之总统而谋统一，其事较便。今日之计，惟有由南京政府将北方各省及各军妥筹接收以后，世凯立即退归田里，为共和之国民”。（《骆宝善评点袁世凯函牍》，336页）
既然袁世凯赖在北京不肯南下，于是，南京政府派出使团迎接袁世凯南下。领衔者即为临时政府教育总长蔡元培。袁世凯自然有他的办法。2月29日，驻京北洋军曹锟之第三镇发动兵变，并陆续影响到保定、天津一带。枪杆子确实有震慑作用，迎袁使团不仅不再坚持袁世凯南行，而且致电南京临时参议院，希望同意袁世凯在北京就职。
第二天，孙中山公布了《中华民国临时约法》。《临时约法》采纳了宋教仁所主张的责任内阁制，给予参议院、国务员很大权力，就是希望能够以此约束袁世凯。孙中山原本是反对内阁制而主张总统制的，他在回国的第二天就在寓所召开同盟会最高干部会议，讨论总统制与内阁制的取舍，为此还与宋教仁产生了分歧，闹得很不愉快。黄兴曾出面劝宋教仁放弃自己的意见，但宋教仁一直坚持己见，不肯妥协。孙中山的理由其实很简单，他认为，既然你们推举我为大总统，就不能再设置防范我的法度。所以，南京临时政府实行的是总统制，大总统有绝对的权力，而《临时约法》却选择了责任内阁制，规定内阁总理向议会负责，大总统的政令须由内阁总理副署才有效。这样做的目的，无非就是要限制袁世凯的权力，不使其恶性膨胀。这时，孙中山便不再反对内阁制了，因为他很清楚，既然把总统的位置让给了袁世凯，那么，就不能不对他加以防范。
这种因人而异制定的法律，从一开始就埋下了争议的伏笔。袁世凯绝不是个容易被约束的人，他也绝不肯做梁启超前面所讲的，超然于政府之外、无责任亦无权力的法国式的挂名大总统，虽然他在和清皇室打交道时是主张内阁制的，因为那时他是内阁总理大臣，他要和皇室争权，不能不利用内阁制。现在则不然，身份变了，他是大总统了，自然不希望别人拿走他将要到手的权力。况且，他手里有枪杆子，还是个很会耍政治手腕的枭雄，所以，他根本就没把《临时约法》放在眼里。他对南下任职提出了异议，却对《临时约法》不置一词，说明他知道一定有办法对付它。民国第一名记黄远庸（笔名远生）在一篇文章里写道：“《临时约法》颁定以后，排袁者谓足以箝制专擅；袒袁者为之扼腕叹息。其实雄才大略之袁公，四通八达，绰绰乎游刃有余。受任未及期年，而大权一一在握，《约法》上之所谓种种限制之不足以羁勒袁公，犹之吾国小说家所言习遁甲术者，虽身受缚勒，而先生指天画地，念念有词，周身绳索蜿蜒尽解。此真箝袁者所不及料，而袒袁者所无用其叹息者也。”（《远生遗著》上册，卷一，6页）实际上，袁世凯就是这样一个人，对他来说，什么君主、民主，立宪、共和，都无不可，只要不影响他获得权力，实行什么他都不会太在意。
