这一天，八月初六日，政变就发生了。现在，还没有确凿的证据证明是袁世凯出卖了维新党人，但据袁世凯自己表白，昨日回到天津之后，他已向荣禄“略述内情，并称皇上圣孝，实无他意，但有群小结党煽惑，谋危宗社”。（《清廷戊戌朝变记》〔外三种〕，71页）第二天一早，他更将全部内容向荣禄和盘托出，特别是说出了围禁颐和园与请旨杀荣禄两件事，彻底改变了整个事件的性质。如果说初六日慈禧还仅仅是想“训政”的话，那么，当荣禄将袁世凯所言汇报给慈禧之后，戊戌政变很快就演变成了一场残酷而又血腥的政治清洗，“六君子”更于政变发生后的第七天，在未经审讯的情况下，就以“大逆不道”的罪名被杀害。第二天，一道朱笔上谕道出了政变的原委和杀戮“六君子”的经过，其中就曾讲道，“前日竟有纠约乱党，谋围颐和园，劫制皇太后，陷害朕躬之事，幸经觉察，立破奸谋”，这似乎可以证明袁世凯与此事之关系。无论如何，随着光绪皇帝被囚禁于瀛台，“六君子”血溅菜市口，康梁及一批同志流亡海外，更多参与、同情变法的人被关押、革职和流放，袁世凯得到了加官晋爵的回报。徐世昌在日记中写道：“八月初十日德律风（电话）传，慰廷代理北洋大臣。”（《戊戌年间的徐世昌》，见《北京观察》2011年第三期，56页）
此后，袁世凯就成了康梁及维新党人不共戴天的仇人。如果说他们第一恨慈禧，第二恨荣禄，第三个恨的就是袁世凯。戊申年（1908年）十月，光绪与慈禧死后，爱新觉罗·溥仪登基，他的父亲、光绪皇帝的亲弟弟载沣，做了监国摄政王。一直密切关注国内局势的梁启超非常了解以载沣为代表的年轻的满洲权贵对袁世凯的态度，他以为倒袁的机会终于来了，除了利用各种关系，挑拨当权者对袁世凯的猜忌和不满外，还专门上书载沣，请杀袁世凯。这封书信到目前为止尚未被发现，其中写了些什么亦不得而知。不过，他当时还分别写信给蒋智由和肃亲王善耆，其中都提到了袁世凯的罪状。他在写给善耆的信中将袁世凯的罪状主要归纳为三条：
一、甲午战祸，全由彼所酿成。
二、戊戌之事无端造出谋围颐和园一语，以致两宫之间常有介介。
三、团匪之变时乃为两面讨好之计，将团匪驱逐出境，以畿辅为其邻壑。（《梁启超年谱长编》，478～479页）
关于第二点，梁启超却不得不多费一些笔墨，因为很多人相信，“谋围颐和园”一语绝不是袁世凯“无端造出”来的，所以他说：“夫德宗皇帝之仁孝与英明，皆天下所共闻也。以仁孝之德宗岂其对于太皇太后而有此悖逆之举？若谓全由康有为主谋，德宗不预知，试思德宗岂昏庸之主，由疏逖小臣之康有为得任意播弄者耶？当时彼以一按察使特授侍郎，全由德宗爱其才，且以为彼久于国外，谙练外事，欲以为维新之助，岂有他意？若谓康与彼有密谋，康何人，敢以此密谋渎德宗之听耶？康又何能使德宗不次拔擢而授以侍郎耶？夫使果如彼贼所言，有谋围颐和园之事，是必德宗与闻康之谋也，否则德宗为康所卖也。使德宗而与闻康之谋，德宗不得为仁孝也；使德宗而为康所卖，是德宗不得为英明也。二者必居其一于是，而德宗岂其然哉？故知此事实毫无影响，而彼贼徒为一人之富贵利禄起见，遂不惜厚诬君父，以致德宗皇帝郁郁引歉，赍志以殁。”（同上，478页）
梁启超的这一番话有几个人听得进去，姑且不论，但他深知，载沣兄弟对光绪皇帝的感情，一定不肯让他背上不仁不孝的黑锅，而肃亲王善耆更是光绪皇帝的同情者。汤觉顿有一封给康有为的信中说：“肃邸纯为帝党，自戊戌以至今日，宗旨坚定，经千曲百折，曾不少变，于贵胄中诚为仅见，徒以平日不修边幅，好下交处士，往往受人指摘。”（同上，448页）所以，梁启超把信写给善耆，也是希望通过他影响载沣。
