这样说来，苏舆、曾廉之流的眼光还是很毒的，一眼就看出了康有为的提倡孔教， 捍卫孔教，其实是想自己做教主，不仅取代孔子，而且要取代当今皇上。所以他们 认为，康有为与梁启超的"保教"是假，想要天下易主是真，统统应该杀头。这时， 偏偏是章太炎出头来为康、梁辩护，他作《翼教丛编书后》一文，针对《翼教丛编》 的观点进行反驳。他先肯定该书驳斥康有为的经今文学，说到了点子上 ；但他认为， 硬把康氏的经学观点与其变法维新的做法扯到一起，却是该书的一大缺陷。在他看 来，学术是学术，政治是政治，不能说是一回事。"以去岁变法诸条，使湘人平心处之， 其果以为变乱旧章，冒天下之不韪乎？"意思是说，去年变法期间实行的那些新政， 如果这些湖南人能够心平气和地想一想，那么，他们的改革旧章程是和天下人作对 吗？他指出，只有持一孔之见的儒生才会说出这样迂腐的话，诋毁、非议他们所做 的事情。他说 ：
今之言君权者，则痛诋康氏之张民权 ；言妇道无成者，则痛诋康氏之 主男女平权。清谈坐论，自以孟、荀不能绝也。及朝局一变，则幡然献符 命、舔痈痔惟恐不亟，并其所谓君权妇权者而亦忘之矣。夫康氏平日之言 民权与男女平等，汲汲焉如鸣建鼓，以求亡子，至行事则惟崇乾断，肃宫闱， 虽不能自持其义，犹不失为忠于所事。彼与康氏反唇者，其处心果何如耶？（《章太炎政论选集》，96 ～ 97 页）
由此可见，章太炎与康、梁，并不是完全对立的，他承认与康有为在经今古文 方面有分歧，但这种分歧古已有之，并非他们所独有。他也反对梁启超神化孔子， 认为孔子只是个学者、教授，而非教主，他更反对把康有为说成是圣人，搞他的个 人崇拜。即便是这样，他对康、梁变法的勇气却十分佩服，并不认为想当皇帝就一 定是大逆不道。冯自由也曾讲到一件事 ："戊戌春间，鄂督张之洞以幕府夏曾佑、 钱恂二氏之推荐，专电聘章赴鄂。章应召首途，颇蒙优遇。时张所撰《劝学篇》甫脱稿，上篇论教忠，下篇论工艺，因举以请益。章于上篇不置一辞，独谓下篇最合 时势。张闻言，意大不怿。两湖书院山长梁鼎芬一日语章，谓闻康祖诒欲作皇帝， 询以有所闻否？章答以'只闻康欲作教主，未闻欲作皇帝，实则人有帝王思想，本不足异 ；惟欲作教主，则未免想入非非'云云。梁大骇曰 ：'吾辈食毛践土二百余 年，何可出此狂语。'怫然不悦。遂语张之洞，谓章某心术不正，时有欺君犯上之辞， 不宜重用。张乃馈章以程仪五百两，使夏曾佑、钱恂讽其离鄂。"（转引自《章太炎 年谱长编》，65 页）
这个时期，章太炎已然有了"革命"思想，但也只是局限于"思想"以及朋友 之间的言谈，还没发展到与满清朝廷公开决裂的程度；而康、梁也还没有举起"保皇" 的旗帜，他们更多地是在呼吁民权、平等，要求开议院，争取士民参政议政的权利。 所以，章与他们或有不和，却并不影响交往，有时还走得很近。有几则笔记写到章 太炎的"革命"，一则是汪太冲的《章太炎外纪》，他说，张之洞因为章太炎崇尚《左传》 而贬抑《公羊》，对章太炎颇有好感，请钱恂邀章太炎来湖北，"时太炎稍有主张革 命名，南皮（张之洞）不敢昼见，匿太炎于念老（钱恂）室中，午夜屏人，见太炎， 谈达曙，大服之"。（同上）这里所说章太炎"稍有主张革命名"是实情，说张之洞"大服之"，却未必。
刘成禺的《世载堂杂忆》也有一则记载，说的是张之洞要办《楚学报》，遂请章太炎担任主笔，"太炎乃为《排满论》凡六万言，文成，钞呈总办，梁（鼎芬）阅之大怒，口呼反叛反叛、杀头杀头者，凡百数十次。急乘轿上总督衙门，请捕拿 章炳麟，锁下犯狱，按律治罪。予与朱克柔、邵仲威、程家柽等闻之，急访王仁俊 曰 ：'先生为《楚学报》坐办，总主笔为张之洞所延聘，今因《排满论》酿成大狱， 朝廷必先罪延聘者，是张首受其累，予反对维新派者以口实。先生宜急上院，谓章 太炎原是个疯子，逐之可也。'仁俊上院，节庵（梁鼎芬）正要求拿办 ；仁俊曰 ：'章疯子，即日逐之出境可也。'之洞语节庵，快去照办。梁怒无可泄，归拉太炎出， 一切铺盖衣物，皆不准带，即刻逐出报馆 ；命轿夫四人，扑太炎于地，以四人轿两 人直肩之短轿棍，杖太炎股多下，蜂拥逐之。太炎身外无物，朱、邵等乃质衣为购 棉被，买船票，送归上海"。（《世载堂杂忆》，109 ～ 110 页）
这段记载写得很生动，有很多细节，刘成禺自称当事人，在现场，但所记仍有 夸张失实之病。首先，《楚学报》实为《正学报》之误，章太炎参与了该报的创办， 还写了《正学报缘起》和《例言》，但该报并未出刊。而且，章太炎也未写过一篇"六万言"的《排满论》，张之洞或者约他写过文章，但只是请他撰文批驳康有为的《新学伪经考》。他因为不喜欢《劝学篇》中"多效忠清室语"（《章太炎学术年谱》，51 页），便婉言谢绝了张之洞所请。很显然，这时的章太炎，感情的天平还是倾向康、梁这 边的。
