在本书中，我们尽量少谈大脑的结构，但为了了解神与灵性的过程如何影响大脑，却有必要牢记六个结构体，分别是额叶、边缘系统、前扣带、杏仁体、视床（或丘脑）与顶叶，在本书第48页，有一幅这些结构体的结构图，但我还是比较喜欢用简单的方式来看待大脑这些重要的部位。
首先，想象你的手掌中有两枚去壳的杏仁，分别代表杏仁体的两半，这是在我们感到恐惧时，主管战斗或逃跑的响应机制。接下来，想象有一枚去壳的核桃的两半放在掌中，这则是你的丘脑，这个部位负责把感官信息送到大脑各个部分，并告诉我们意义何在及真相为何。
现在，先握掌成拳并竖起前臂，使指关节朝向天花板，这时，前臂相当于脊椎，拳头（包括杏仁与核桃）则是边缘系统，是大脑最古老的部分，也是所有爬虫类、两栖类、鸟类与哺乳类都拥有的部分。边缘系统关涉的是记忆编码、情绪反应及其他身体功能。
接下来，拿四张20cm×10cm的纸，放在拳头上，将纸弄皱，与拳头紧贴，就这样，便有了一个人的大脑。这四张纸的大小与厚度相当于新皮质，一个人一生所学包括所有记忆、信念与习性全都储存在此，这里也是大脑所有的视觉、听觉、运动、语言与认知的运作中心。纸的百分之三十是额叶，位于双眼的后上方，几乎所有的意识都由它主管，包括逻辑、理智、专注、语言能力与自主动作。
接下来，注意褶皱纸张接触大拇指的地方，这里相当于前扣带，是发动社群意识、直觉与同理心的部位，也包含一种特有的神经元，是人类与少数灵长类才拥有的。这些神经元的存在仅有一千五百万年，至于杏仁体（拳头所握的杏仁），则已经在其所在部位制造了四亿五千万年的恐惧。灵修特别能够强化前扣带，一旦做到这一点，杏仁体的活动就会减少。
还有一个区域也是必须记住的，那就是位于耳朵后上方的顶叶。虽然这个部位所占比例不到纸张的四分之一，却在你与周围事物的联系中，为你提供对本我的认识。当这一区域的活动减少时，便可以感觉到自己跟神灵、宇宙以及自己所专注的任何念头合为一体。
以上所述，将五亿年的神经演化浓缩成了六段文字，同时告诉我们，静观修行可以改变大脑中的这些部位，借此改善身心健康。事实上，甚至可以改变大脑观照现实的方式。
马克与我都认为，新旧大脑之间这种内在神经的冲突，传统的宗教团体从直觉上就已经认知到了，某些传统便经由不断的尝试发展出静观修行的法门，借以强化与知觉、同理心及社群意识相关的神经回路。这些回路一经强化，可以使人更有合作精神、更加儆醒，并缓和容易愤怒、恐惧与猜疑的天性。静观修行使我们的先人得以看见更美好的世界（或许还包括来世），而大脑中的创造机制则赋予我们力量，使这些想象得以实现。最重要的是，静观修行可以使我们更为善解人意并心怀慈悲。
