就在这段时间里，冯友兰的前列腺出了问题，几经周折才动了手术。他出院的第二天便被勒令参加批斗大会，只得挂着尿瓶子前去。批斗完了还要游街，大约是因为他的模样太惨了些，居然免遭此难。
但是，正所谓“躲得了初一，躲不过十五”，真正的苦难才刚刚开始。冯友兰的工资被扣，每月只发极少的生活费；家里的大部分房间被封，东西都无法使用，有一次他被揪去批斗，因天气很冷，只得披了一条麻袋御寒；他的子女受到株连，任载坤也被罚打扫卫生。接着，一些其他的住户纷纷挤进燕南园，冯友兰的57号院最多的时候竟住了6户人家。
不久后，冯友兰被关进“牛棚”隔离审查，任载坤既担心他的身体，又担心他的安全，为了能见到他，便于每天午饭前到“牛棚”附近张望，看到冯友兰排在“牛鬼蛇神”的队伍里出来吃饭，知道他又活过了一天，这才把悬着的心放下。她常去的地方有几块石头，冯友兰称其为“望夫石”。
时间到了1968年秋天，冯友兰突然被释放回家了。事后他才知道，自己命运的突变是源于毛泽东的一段话。在不久前的一次中央会议上，毛泽东说:“北京大学有一个冯友兰，是讲唯心主义哲学的，我们只懂唯物主义，不懂得唯心主义，如果要知道一点唯心主义，还得去找他。……这些人都是有用的，对于知识分子，要尊重他们的人格。
随着冯友兰境况的改善，燕南园57号小院的情况也开始有了变化。那些硬挤进来的住户陆续被迁走了，院子基本恢复了原状，而且还被列为“开放户”，也就是可以允许外宾或华侨进入的住户。
“文化大革命”波澜起伏，“林副统帅”的自我“爆炸”，引发了1973年的“批林批孔”运动。经历过无数次政治运动的冯友兰，在持续多年的自我批判和自我否定之后，已经被磨去了棱角，丧失了基本的自信，他判断事物的标准只剩下了简单的一条：跟着毛主席走、跟着党中央走、跟着革命群众走，“毛主席党中央一定比我对”。因此，他积极参加了“批林批孔”运动，写出了若干批判孔子的文章。他的表现得到毛泽东的赞赏，还被戴上了北大、清华两校大批判组“顾问”的头衔。经历过“文化大革命”的人都记得，那个化名“梁效”的大批判组是一个了不得的写作班子，它的文章是指导运动发展的纲领性文件，无人胆敢违抗。
作为一位深通儒学的大师，居然积极加入所谓的“批孔”，是一个荒唐的时代悲剧。因此，1976年“文革”结束后，冯友兰再次受到批判审查，就并不奇怪了。但是，这种批判审查、有许多过火的地方，他的电话被拆走，抄写稿件人的工资被停发，国际会议不许参加，外国友人来访不许接见，全国政协委员的资格被取消……还有人捏造事实，极欲置其于死地。就在这时，与他相濡以沫近60年的夫人任载坤不幸病逝，使他在凄苦中又平添了更大的悲痛。
