1947年,他与王重民教授等学者大力促成在北大设立图书馆学专修科(附设在中文系)、博物馆学专修科(附设在史学系)。现在这两个专修科经过60多年的发展,已成为海内外闻名的信息管理系和考古与文博学院。从1949年起,他兼管北大图书馆的事务。解放后,他是中国科学院哲学社会科学学部第一批委员之一,还担任了北大校务委员会委员,兼北大图书馆馆长。他对北大藏书了如指掌,师生们经常可以看到在馆长办公室门前的廊子里,或远或近地站着三五个穿布大褂的中年人,身旁放着一个布包。他们便是送书到图书馆来请向达亲自检选购买的旧书店伙友。1952年对新入学的图书馆系的新生讲话, 谈到他的办馆思想:办好图书馆要注意的是藏书、人员、科学管理和服务精神, 在北大付诸实施,可以说在管理和建设北大图书馆方面做出重大贡献。
1950年,向达毅然送自己的小儿子参加志愿军“抗美援朝”,第二年,党和政府请他参加了第一届赴朝慰问团。他先后被选为北京市人大代表,全国政协委员。在向达的生平档案中,曾有如下评语:“富于正义感;自高自大,有学术独立超然的思想,有士大夫的坚贞,无士大夫的冷静;解放后对党极其拥护,但对民主人士非常不满,……对50年代前期的一系列政治运动表示不理解。”向达深受北大“科学与民主”精神的影响,又“为人憨直、是非分明、毫不宽假”。他自认为是党的诤友,1950年,曾公开表示:“我们现在要监督执政党,使他做得好,不让他变化。”1957年大鸣大放时,他提出史学界要百花齐放,不能只开“五朵金花”(指古史分期、近代史分期、资本主义萌芽、农民战争及民族问题这5方面的讨论),在学术观点上,也应百家争鸣。他认为马克思主义的原理和个别结论,不能代替具体的历史研究方法。他说,比如考古发掘,怎能说明这一锄是资产阶级唯心主义的,那一锄是马列主义的?他出言无忌的后果是可以想象的,最为严重的是被诬为有攫取湖南省土家族自治州州长的野心,于是,新旧账一起算,1958年被正式戴上“右派分子”的帽子,为史学界第二号大右派。
划了右派之后,向达从他自认为是党的诤友的地位被打入了另册。从此他不再批评时政,却仍以认真负责的态度,接受交给他的任务,并提出建议。如他曾接受整理柬埔寨古代史料的任务,以及有关中印、中朝边境问题的咨询。他深信“近百年来,某些有关边界问题的材料、地图,有关国家政府的档案、调查报告等,公私收藏都很缺乏。因此,事到临头,不免有手忙脚乱之感”。出自爱国的责任感,他向有关部门建议,希望今后“未雨绸缪,则亡羊补牢,犹未有晚”。