说来燕南园的历史并不算太长，还得从燕京大学的成立说起：
晚清的时候，美国教会在北京创办了三所大学──北京汇文大学、华北协和女子大学和通州协和大学。1919年前后，三校陆续合并，成为一所新的大学，并聘请正在南京金陵神学院任教的著名美国教授司徒雷登担任校长。当时在校名问题上曾经有过一段小插曲：由于先行合并的是汇文大学和通州协和大学，而汇文大学的英文名称是“Peking University”（即“北京大学”），所以合并后的学校曾经打算挂出“北京大学”的牌子，但是这与已经名播天下的“国立北京大学”几无二致，显然不妥。为此，甚至专门成立了一个由蔡元培等人组成的五人委员会。最后，既没叫“汇文”，也没叫“协和”，更没叫“北京大学”，而是采用了诚静诒先生的建议，定名为“燕京大学”。这小小的插曲似乎也说明，燕京大学从成立的时候就与北京大学有了一种微妙的映照，或许是某种难解的缘分吧。三十多年后，新中国的教育系统推行高校院系调整，燕京大学与北京大学合并，北大迁到了原燕大的校址——燕园。这样一来，解放前后京城三大名校中的两校就合流成为新的北京大学，一个有着深厚的文化积淀、又焕发着昂扬进取精神的北京大学。当然这是后话了，我们还是继续说燕大的事情。
由于当时燕大在城中的校舍局促狭窄，司徒雷登力图在京郊选择新的校址。经亲自勘察，选定西郊一处宽敞的地方。那本是明代米万钟的勺园与清代和珅淑春园的所在，几经易主，清末时归睿亲王的后代所有，因屡经战乱，已经破败不堪。后来民国时陕西督军陈树藩买了这处废园，原打算盖别墅的，司徒雷登千里迢迢跑到西安，几番谈判，最后以6万元的价格将其购下。
校址选定后，由另一个美国人──毕业于耶鲁大学的设计师亨利?墨菲进行总体规划，墨菲以中国的园林艺术及古典建筑风格为基点，开始了大规模的建设。而司徒雷登在接下来的十几年里，连续10次回美国募捐，为燕大的发展提供了雄厚的经济基础。
1925年，新校园初具规模，燕京大学迁入新址，但校舍的建设还在持续进行着，先后又购入周边的蔚秀园、镜春园、朗润园等等，使校界不断扩大。
