临行前，基辛格一家去鹿特索森看望了葆拉的父亲和继母。基辛格回忆说：“从未见父亲哭过，直到他和外公说再见的那一刻。那对我的震撼是如此巨大，我陡然间意识到，我的家庭也已卷入一场庞大而无可逆转的历史事件中了。居然还有连父亲也束手无策的事情，那是我有生以来头一次遭遇到。”到那时，基辛格已经做好了背井离乡的准备。3月，莱昂一家移民去了巴勒斯坦。临走前的一个礼拜他们卖掉公寓，海茵茨·莱昂跑去基辛格家和基辛格同住了最后一周。两个伙伴一叙别情，讨论着将来能否重返家园。莱昂的父亲向年轻的基辛格话别：“有朝一日你回到家乡，会发现这里再没有一草一木还是原来的样子了。”莱昂家离去后，基辛格再也没有什么留下的理由了，妈妈回忆说：“亨利第一次感到了真正的寂寞。”
1938年8月20日，基辛格一家登上了前往伦敦的客船。他们走后不到三周，“水晶玻璃”事件的暴徒们就砸毁了德国大部分地区的犹太机构。基辛格在伦敦的亲戚那里暂住了两周，随后便动身前往美利坚。当时，亨利15岁，沃尔特14岁，父亲路易斯50岁，母亲葆拉37岁。行前打包工作十分简单：虽然他们付了将家产运出德国所需的费用，但仅被允许携带一些能装进箱子的家具和随身物品。路易斯不得不把他心爱的书籍扔下，他们也只能带些贴身的零钱。
多年后，基辛格作为士兵和政治家重返巴伐利亚。1975年12月，身为美国国务卿的他和父母一道被邀请回到故里参加菲尔特市授予基辛格的“杰出本地市民金质奖章”颁奖典礼。德国外长根舍和菲尔特市长施尔泽和近千名观众出席了仪式，一所来自当年拒绝接收基辛格的学校的乐队还到场助兴。基辛格的致辞极简短，没有提及任何有关当年导致他举家逃亡的恐怖年代的事情。德方还邀请基辛格参观当年他踢足球和学习Torah（犹太教的全部经文。——译者注）的地方——也是在那里，基辛格和他的朋友们曾不止一次地面对希特勒青年军成员们的殴打。对于此项邀请，国务卿礼貌地回绝了。他后来告诉记者：“我的回忆也不都是那么光彩，之所以参加那项活动主要是为了父母，他们对菲尔特一直有感情。”他爸爸似乎同意这个说法，一次和菲尔特的朋友们吃饭时，路易斯引用古希腊戏剧家欧里庇得斯的话说：“今天，我们忘记所有糟糕的事情。”可是，基辛格的母亲却是什么都没忘。“其实那天我内心深感耻辱，但什么都没说。”葆拉后来讲道，“我心里清楚，如果当年留下的话，他们肯定连我们一起烧死。”
在一座当年基辛格常常光顾的、已然修葺一新的教堂墙上，挂着一张牌子，上书：“1942年3月22日，这座建筑的最后一批居民——33名孤儿和他们的老师伊萨克·哈勒曼一起被送往依兹贝卡处死。”
1975年那次访问，基辛格一家还前往法尔克·斯特恩的坟墓拜祭。斯特恩是幸运的，大屠杀开始前他就因病在家中去世。而其他至少13位基辛格的至亲或被送去毒气站或死在集中营里，包括法尔克的妻子——葆拉的继母。正像基辛格所言，这么多亲戚被害，一个原因就是他们都把自己当成忠贞不贰的德国好公民。他祖父大卫和叔祖西蒙都认为，家族应该能挺过纳粹这一关，都认为纳粹时代迟早会过去。大卫直到“水晶玻璃”事件发生后才逃到瑞典的儿子阿诺（路易斯的兄弟）那里。而西蒙甚至在“水晶玻璃”事件后仍禁止家人逃亡。他说，德国一向善待犹太人。他们应该忠于祖国，和国家共患难，度过这段艰难岁月。
西蒙最终在一所德国集中营里遇害，他的两个同路易斯一样当老师的儿子费迪南德和尤利乌斯也难逃厄运，双双被害。基辛格的三个姑妈——路易斯的姐妹——也在大屠杀中遇难：伊达和丈夫希尔波特·弗里德曼以及他们的孩子；萨拉和丈夫马克思·布拉特纳以及他们的女儿塞尔玛；芬尼和丈夫雅各布·劳及儿子诺伯特。曾经寄宿在基辛格家的芬尼的女儿莉娜·劳设法逃到了纽约，她回忆说：“我父母觉得希特勒长不了，谁都这么认为。我们想，事情应该很快就会结束的。”
