北洋军中的直皖争端直接影响到了北洋军在前线的战斗力，在北京政府内部，冯国璋和段祺瑞两人也是尔虞我诈。皖系主战，直系为不让皖系坐大而主和。直系的地方实力派曹锟等也通电表示主和。加上护法军攻克湖南，引发全国性的护法运动狂潮，直接导致了段祺瑞在1917年11月的下台。
直系占上风的北洋政府就向西南军阀们伸出了橄榄枝，这对西南军阀是一个诱惑。西南军阀本就不想与北洋政府彻底翻脸，发动护法战争也只是为了自保，用武力对抗段祺瑞的武力“统一”政策，顺便借孙中山的名头扩大地盘。在军阀中，陆荣廷对孙中山的护法军政府最为不满，因为孙中山驻节广州，广东原本是桂系在反袁护国运动以后谋得的地盘，现在孙中山在那里大有“鹊巢鸠占”之势，引起了陆荣廷的不安。加上孙中山作为大元帅，是护法军的总代表，西南军阀要与北洋军阀谈判交易，皆要通过他进行，多有不便。所以在南北对峙暂时缓和后，西南军阀就密谋组织所谓“各省联合会”与军政府分庭抗礼，又策划“改组”军政府，目的在于架空孙中山。
当然，北洋军阀也不会让西南军阀太好过。1918年1月，直系和皖系又达成了暂时的妥协，相约为北洋军“找回面子”。北洋军曹锟、王占元等部很快逼入湖南，护法军则自湖南全面北进，1月27日攻克岳阳。3月，段祺瑞卷土重来，三度出任总理。加上日本和美国在此前的1917年11月签订了《兰辛 石井协定》，就中国的“门户开放”问题达成了一致，日本无所忌惮地支持段祺瑞推进“武力统一”。4月，北洋军进攻湖南，节节胜利，迫使失去桂系协助的湖南护法军丢城弃地。
眼看北洋军又要占到上风时，北洋系统内的直皖争端再度白热化。段祺瑞把湖南督军之位授予皖系的张敬尧，令直系的两名“南征功臣”吴佩孚和曹锟大为恼怒。曹锟于5月借口伤亡过重，拖延不进，并以“养病”的名义带着司令部拍拍屁股回了天津。而吴佩孚则公开联络张宗昌等直系将领，联名通电，要求北洋政府停战和谈。
另一方面，西南军阀架空孙中山的活动也在继续进行。1918年1月28日，海军总长程璧光在广州突然遇刺身亡。程璧光被刺一案较之“宋案”更为疑云重重。程璧光是海军的核心，孙中山的同乡。他支持孙中山一方面是出于同乡情谊，另一方面也因为海军中多有两广人，与两广联系较深。海军是南方军政府中除西南军阀和孙中山以外的第三支力量，其依违倒向对西南政局有很大影响。程璧光之死至少有三个嫌疑人：试图除掉他以削弱孙中山力量的西南军阀，试图直接控制海军的革命党人和视之为眼中钉的北洋军阀。所以当时三方就此案互相指责，令真相石沉大海。
可以肯定的是，程璧光的死，最受损失的是孙中山。原本手中无兵的孙中山本可以在西南军阀之外再多一个选择，或者以海军制衡西南军阀，而现在只能仰人鼻息。陆荣廷等拉拢国会议员和唐绍仪等行“改组”军政府一事，他们抛出一个《中华民国军政府组织大纲修正案》，规定废除大元帅制，改为设“政务总裁”若干人，彼此之间都有平等地位，责任同负。孙中山向唐继尧求援，唐继尧不但不予理会，反而提议“遥戴黎、冯为大副总统，或认冯为代理大总统，在南方组织军务院或国务院，以行使职权。”1918年5月4日，非常国会正式通过了《修正军政府组织法案》，孙中山在当天提出辞职。国会在20日选举孙中山、唐绍仪、伍廷芳、唐继尧、林葆怿、陆荣廷、岑春煊为总裁，曾任清朝两广总督的政客岑春煊被推举为主席总裁代理。这位岑春煊总裁一边当着南方军政府的主席总裁，一边领着北洋政府的俸禄当高等顾问。5月21日，极度失望的孙中山离开广州前往上海。第一次护法运动彻底失败。
