在北京的国会中，各派的议员也闹成一团。前国民党的议员组成了一个“宪政商榷会”，大约有四百多名国会议员，是国会中最大的一派。其中主要有三大派系：最大的一派是张继、吴景濂等人组成的“客庐系”，另两派分别是林森、居正等人组成的“丙辰俱乐部”和孙洪伊等人组成的“韬园系”。这三派虽然联合，但也不是铁板一块。如客庐系属于“稳健派”，主张拥护现在的段祺瑞内黎元洪阁，保证政权的稳定性；但丙辰俱乐部等两派属于“激进派”，主张与段祺瑞内阁进行斗争。前进步党系的议员约150名就组成了一个“宪法研究会”加以对抗，他们反对“宪政商榷会”的两院制国会、地方分权等主张，要求采取中央集权，实行一院制的国会制度，并拥护段祺瑞内阁。在这个“宪法研究会”中又划分为汤化龙等人组成的“宪法讨论会”和梁启超、林长民等人组成的“宪法研究同志会”。
就这样，由前国民党议员团发展而来的宪政商榷会和前进步党议员团发展而来的宪法研究会就分别形成了“商榷系”和“研究系”。前者支持黎元洪，后者支持段祺瑞。由于“商榷系”的地方分权主张大合南方各派军阀的胃口，而“研究系”的中央集权主张又迎合了段祺瑞想要收回地方权力，加强中央的意见，所以在这批国会议员背后，就出现了南方非北洋系军阀以及直系军阀对抗北方中央政府皖系军阀的暗战。
既然国会议员分门立派，国会里就热闹了起来，口水与板砖齐飞，拳头并鲜血一色的现象也时有发生。国会议员中不乏饱学宿儒或者新派人物，但在国会讨论中却往往没有那么多理智和文雅，语言上的人身攻击尚属轻的，大打出手之事也是频频上演。斯文扫地的国会很快就变成一个乌烟瘴气的名利场，一群国会议员为自身和派系的利益，勾结军人，乃至于进行金钱交易。到北洋政府后期，这群国会议员因为曹锟贿选总统一事博得了“猪仔议员”的“美名”。北洋政府中的西式民主至此完全成为世人的笑柄，此是后话，暂且不提。
黎元洪和段祺瑞的第一轮交锋围绕一个关键人物 徐树铮。徐树铮少年时就有“神童”之誉，1901年被推荐为段祺瑞的记室，深受器重。段祺瑞有心培养他，就把他送到日本陆军士官学校就读，归国后继续为段祺瑞效力。1914年，他已经被提拔到陆军部次长的位置，时年仅34岁。年少得志的徐树铮为人骄狂，即使在袁世凯面前也不改飞扬跋扈的本色。在袁世凯死后，徐树铮成为国务院秘书长，他在黎元洪面前也是十分傲慢，进总统府递文件时一语不发。
黎元洪询问时，他就回答说：“总统但在后页年月上盖上印，何必管前面是何事情。”搞得黎元洪颇为尴尬，恼羞成怒之余，拒绝再见徐树铮。前国民党籍的孙洪伊此时出任内务部长，他支持黎元洪与段祺瑞相斗，要求黎元洪将段祺瑞免职，以孙代之。段祺瑞岂是省油的灯，他抓住孙洪伊在任期内不依法裁撤人员的把柄，把孙洪伊的免职状送到总统府，黎元洪却拒绝盖章，双方终于闹到撕破脸皮的地步。最后，北洋系的大佬徐世昌出来打圆场，让孙洪伊和徐树铮两人同时去职，这才暂时结束了这场纷争。
纷争虽止，但尘埃未落。黎元洪和段祺瑞虽然暂时高挂免战牌，但两人心中不可能没有芥蒂。此时，另有一群人觉得还不够热闹，也横插一杠，让这一事端更为复杂化。
这群人就是督军团，原本各省的都督在袁世凯称帝时一度改称“将军”，袁世凯败亡后改称“督军”。这个督军团的组织发起人是安徽督军张勋。张勋是北洋系的，他为人保守，素来与国民党为敌，在南方反袁期间，他对南方各省的独立亦大为不满。1916年6月，他倡议组织北方各省代表会议，要求南方取消独立，抵制“暴乱分子”。9月，他又组织与之志同道合的十余省份代表到徐州开会，宣布“巩固势力，拥护中央”。张勋自此以督军团总盟主自居，对中央政府指手画脚，特别是对国民党人控制的国会多加指责。张勋的态度正中段祺瑞下怀，他原本看不起张勋这个“土包子”，但当他看到张勋可以利用时，立刻与之一拍即合。段祺瑞在内，张勋在外，两人联手向国会中的国民党人和黎元洪施加压力。
府院之争的白热化是在1917年，而斗争的焦点在于中国是否“参战”的问题，也就是是否参加第一次世界大战的问题。
