第三派则是奉系。奉系首领张作霖，绿林出身，辛亥段祺瑞革命后逐渐崭露头角，被袁世凯用为镇压东北反袁势力的一颗重要棋子。张作霖与袁世凯的渊源本没有冯国璋、祺瑞等人那么密切，因此从一开始就具有一定的独立性。加上张作霖在袁世凯死后手握东北三省，进可窥视关内，退可确保关外，逐渐发展势力，成为东北一地的无冕之王。
除了北洋系以外，反袁阵营内的各派势力也经历了一次消长和整合。以梁启超为精神领袖的进步党在倒袁过程中起了关键作用。在袁世凯倒台后，蔡锷一度占领了四川并出任川督，但不久便因病赴日，死于日本。四川很快落入他人之手，进步党系在失去一个优秀领导人的同时也失去了地盘。孙中山的中华革命党则在倒袁成功以后，乐观地认为“破坏既终，建设方始，革命名义，已不复存”，不但解散了各地的中华革命军，而且把精力集中到国会斗争方面。在倒袁运动中，孙中山等人就采取了当初反清的冒险起义形式，在整个护国战争中被边缘化；在倒袁成功以后，他们又主动放弃争夺地盘，这就注定了他们在这个乱世的局面中很难有所作为。
另外一批人则是借倒袁而崛起的西南军阀，尤其以广西的陆荣廷和云南的唐继尧实力最为强大。陆荣廷在清末为广西提督，在辛亥革命后，迫于压力宣布“附和共和”，但又曾参与镇压“二次革命”。袁世凯称帝后，陆荣廷趁机宣布广西独立，并趁乱攻入广东，驱逐亲袁世凯的广东都督龙济光，自此雄踞两广。唐继尧早年留学日本，加入中国同盟会，自1913年就成为云南都督，是云南一地的地头蛇，也因为护国运动而声名大噪。陆荣廷和唐继尧两人，一个控制两广，虎视湖南，一个掌握云南，触及贵州，又远眺四川，在名义上从属北京中央政权，实际上自行其是，不奉号令。
这样，中央政府控制不住地方，北方和南方在讨袁过程中分裂两半，这就为后来形成军阀混战的局面埋下了伏笔。
即使在中央政府内部，也是明争暗斗，国民党、进步党和北洋派在中央政府三足鼎立。所谓“党内无派，千奇百怪”，在国民党和进步党内部也划分为各种派系，各个派系之间完全没有“精诚团结”的风貌，互相倾轧，甚至公开吵架，在国会中大打出手。南北斗争在这个时候也插了进来，最终矛盾集中演变为以总统黎元洪为代表的总统“府”和以总理段祺瑞为代表的国务“院”之间的一场政坛大角力。
二、暗战 府院之争
府院之争可以说是中国近代政治史上的一出“闹剧”，在总统府和国务院之间的明争暗斗之下，掩藏着错综复杂的政治背景。
总统黎元洪，武昌起义前为驻武昌的新军第二十一混成协统。在武昌起义以后，由于起义军找不到一个合适的领袖人物出来主持湖北军政府，当时还躲在朋友家中的黎元洪就被当做“社会名流”给起义军抓了出来，赶鸭子上架成了湖北军政府都督。一个清朝军官因此摇身一变成了民国的缔造者，在中华民国成立以后，黎元洪就成为民国的副总统。袁世凯死后，他以副总统的身份成为“众望所归”的总统人选。
也正是因为如此，黎元洪这个集各种“阴差阳错”于一身的总统一无兵权，二无人脉，三无势力背景。国务总理段祺瑞作为袁世凯后北洋系的实力派人物，本不将黎元洪放在眼里，只希望将之作为一个“傀儡总统”、“摆设总统”，所以他处处以《临时约法》规定的“责任内阁制”为托词，不让黎元洪干预北京政府的政事。但黎元洪又不是一个甘心束手之人，对段祺瑞的施政多所干预，加上一些政治派系出于自己的利益站到了黎元洪一边为之摇旗呐喊，黎段两人的矛盾迅速升级。
