最后，洋务运动没有深入地触及制度的革新。洋务派一直秉持的理念是“中学为体，西学为用”，他们单纯引进西方的技术、装备。但对中国的制度并未有深层的触及。北洋水师作为一支近代化的技术兵种，所采用的制度仍然是老式的军制。在用人上，作为专业技术兵种的海军对技术人才要求极高，但李鸿章却选择了对海军相对外行的丁汝昌作为水师提督，而北洋海军的对手日本联合舰队却发展海军学校不断培养人才，任用了如东乡平八郎等一批专业的技术人才。制度的重要性由此可见一斑。
另外，北洋水师在1888年以后再未添置新舰，这在海军技术日新月异的19世纪末简直是不可想象的。主要原因就是慈禧太后为一己私欲挪用海军军费修筑园林工程。作为一名老牌政客，慈禧太后还着力沿用倭仁、李鸿藻这些“清流”顽固派，在明里暗里扯洋务派的后腿，以达到她的“分权制衡”的目的，所以洋务派的许多计划，不得不因为清朝政府中的权术斗争而大打折扣。清朝政府的腐败制度是制约洋务运动成果的最主要因素。
这些致命的缺陷无论是曾国藩还是李鸿章、左宗棠都无力解决。特别是李鸿章，在北洋海军覆灭以后，曾经踌躇满志的他明显失落许多。当清廷被八国联军打得“西狩”逃亡时，李鸿章被抛出来收拾残局，签下了《辛丑条约》，透露出一种帝国迟暮的悲哀。
三、向日本学习？ 维新变法运动
甲午战争无论对日本还是对中国都是一个大的冲击。对日本来说，几千年来日本都把中国当做一个庞大的国家，甚至有很长一段时间以中国为师。甲午战争是日本第一次完胜中国，显示了日本向西方学习的成果。而对于中国来说，日本是一个既熟悉又陌生的对手，原本近在咫尺的小岛国突然崛起强大到能够击败自己，这种冲击和震撼比之前败给任何一个欧美国家更大。
因此，在甲午战争以后，随着民族危机的加深，一批新式知识分子开始认识到，要改变中国被瓜分的厄运，光是在器物上进行革新是远远不够的，还必须引进西方先进的资本主义制度，这就在近代中国形成了一股维新变法的新思潮。
康有为、梁启超等知识分子成为民族资产阶级的代言人并不是偶然的。自清政府开放民间设厂限制以后，有相当一批官僚、地主和商人打着“实业救国”的旗帜，投资纺织、面粉、火柴等轻工业，著名的张裕酿酒厂、商务印书馆等一批民族企业就在此时应运而生。尽管如此，新兴的中国民族资产阶级实力仍然微弱。以著名的“红顶商人”胡雪岩为例，这位以胡庆余堂驰名天下的商人一度在江浙呼风唤雨，显赫一时，晚年却不幸卷入了左宗棠与李鸿章的官场派系倾轧中，又在与英国商人的“生丝战争”中一败涂地。一夜之间，一个杭城巨富变得赤贫如洗，还遭到抄家的厄运，终在贫病交加中结束了生命。民族资产阶级面临着国内封建官僚和国外资本的双重压榨，他们有“强国”和维新的本能要求。而要表达这种诉求，他们只能依靠在中国古代社会最受尊重，能把自己的观点“上达天听”的士大夫知识分子。
就这样，在甲午战争结束后，一批被战败深深刺激神经的士大夫知识分子站出来，代表民族资产阶级发出了改革制度的呼吁。康有为在19世纪90年代初写就了《新学伪经考》、《孔子改制考》两本著作，借批驳汉学、托古改制来宣传他的维新思想。1895年，《马关条约》签订的消息传到国内，适逢会试之期，在京应考的士人义愤填膺，纷纷上书反对。康有为正是在此时成为变法的核心人物。他发动士子上书，要求拒绝对日赔款，实施变法。他表示，如果要“筹自强之策，计万世之安，非变通旧法，无以为治。”这场“公车上书”运动为维新变法运动准备了舆论条件。
公车上书后不久，康有为又多次上书光绪皇帝，阐述变法主张，得到了光绪皇帝的支持。同时，维新派通过成立“强学会”、“广学会”等团体，发行《万国公报》、《时务报》、《强学报》等新闻报刊，翻译撰述《天演论》、《法意》、《日本变政考》、《俄罗斯大彼得变政记》等书籍来宣传维新变法思想，同时还培养发掘了梁启超、谭嗣同、严复等一批维新变法人才。康有为还与主张“祖宗之法不可变”的顽固派进行了激烈的论战，提出了实行君主立宪制度、开议院兴民权、改革科举教育制度等一系列变法主张。
