平心而论，洪秀全的统筹能力不如杨秀清，军事水平比不上石达开，发动群众的能力比不上早年死去的冯云山，仅仅因为他是拜上帝教的创始人而成为天王。但洪秀全仍然有着非同寻常的权力欲，他用石达开秉政，又不完全信任他，延用自己的亲族洪仁发、洪仁达两人牵制石达开，这两人的才能比洪秀全尚有不如。石达开一怒之下，率众离京，在大渡河遭到伏击败亡。这一系列变故完全是由于天国领导人的短视和贪欲造成的。在军事斗争形势还十分严峻，敌人还十分强大的情况下，发生这样大规模的内讧显得有些幼稚和不可思议，这也说明了洪秀全这样的人完全不能承担起改变中国命运的重任。
太平天国中最有远见卓识的人莫过于洪仁玕。他的《资政新篇》作为中国较早的社会改造方案，提出一系列向西方学习的建议，包括兴建铁路、公路，兴办邮政、银行，禁止溺婴，创办社会福利事业，扩大对外交流和商贸往来等等，这些建议却无法引起太平天国中人士的广泛注意。同时，太平天国艰巨的军事形势也不允许这些措施实地推行，所以，这只能说是整个太平天国运动中不多的亮点。
1864年6月，洪秀全病故。7月，湘军攻克天京，太平天国运动宣告失败。余部与捻军等合流继续抵抗到1868年。作为中国近代史上规模最大的一起农民运动，太平天国做了推翻清朝统治的尝试，同时也提出了一些具有进步意义的主张，如查禁鸦片，平均地权等等。当然我们也必须看到，太平天国的组织形式是采取宗教“异端”的形式进行的，采取的统治方式也是神权与王权结合的专制制度，这个制度并不比清朝的统治好到哪里去，甚至更为落后。退一步讲，如果太平天国取代了清朝，或许中国会变成另一个中世纪式的国家，而谈不上有什么新的变革。而以太平天国领导人幼稚的政治眼光和故步自封的思维模式，他们是无力抵抗西方殖民者的觊觎的。何况太平天国政权的外交模式还是停留在“天朝上国”的理念上，与清朝政府别无二致，很难指望他们能领导中国走上自强之路。
与太平天国有着同样局限性的就是清末的义和团运动。义和团与太平天国一样，是采取宗教的形式发动组织群众，相比太平天国那种有体系的宗教理论，义和团的宗教理论更显得杂乱而不成系统。许多义和团组织本是民间流传的白莲教组织，本身带有一些邪教的性质，因此，宣扬“刀枪不入”等迷信也就屡见不鲜了。义和团中还存在着不同的派系，信仰也是五花八门，甚至有拜孙悟空、猪八戒的。另外，与太平天国相比，义和团还缺少稳定的领导集体，这就方便了这些组织能够被清政府所利用。
义和团大规模兴起的直接原因是“教案”的频发。在鸦片战争以后，大批西方传教士涌进了中国。无论是天主教还是新教，在本质上都与东方文化有着不同的思维方式。所以，西方教会来到中国，就和中国地方上的民众发生了文化上的冲突。一些传教士随意干涉中国传统的信仰，甚至横行不法，仗着治外法权的庇护为所欲为，更引起了中国民众的反感。许多农民在半殖民地的社会背景下走向破产，也把怒火发泄到了外国人头上。可以说，这是中国农民在半殖民地的状态下为保护自己而发起的一次本能的反抗。但他们并不能区分外国的东西究竟哪些是好的，哪些是不好的，所以就形成了一种盲目排外的风气，看到外国人或者洋人打扮的中国人就不分青红皂白地加以仇视，甚至仇视使用洋货的人。在这种心态的驱使下，义和团采用封建迷信的方式组织起来，采用拆铁路，拔电
义和团的“拳民”线杆，攻击洋人，袭击洋货商店，甚至滥伤无辜的方式发起排外斗争。这种盲目排外式的“爱国”其实有裨益于国家之处甚少，危害甚至要比益处更大。
义和团的这些行为被清廷看在眼里、记在心里，很快就被以慈禧太后为首的清廷政客们用作实现自己政治目的的工具。在戊戌变法失败以后，慈禧太后试图废黜光绪皇帝，因此精心选择了一位继承人选，但各国公使并不同意。慈禧太后并不是一个了解近代外交的人，她在一怒之下，就以一己私欲发动了战争，利用义和团进攻北京的教堂和东交民巷使馆区。列强则组成八国联军进行干涉，最终慈禧太后在八国联军进入北京之前仓皇西逃。
