朱元璋联合方国珍剿杀张士诚之后，又在洪武三年（1371年）剿灭了方国珍。然而，方国珍占据的浙江东部三郡温州、台州、庆元则在方国珍统治下十数载。当地百姓对方国珍也极为尊敬。这也是朱元璋惧怕的原因。
海盗其实早已有之，只要是滨海地区，到了贫富两极分化的时候自然会有抢夺事件发生。东汉末年，海盗开始进入史籍。例如，汉安帝永初年间的张伯路、顺帝阳嘉初年的海盗曾旌、灵帝时期的杭州胡玉、献帝时期的长江口薛州等。
宋元时期，海盗活动越来越频繁，到了明代中后期进入鼎盛阶段。明朝最早的海盗就是广东的李夫人。
朱元璋在进行北伐的同时，也开始对各地海盗进行剿灭。然而，海盗并不为所动，反而进行积极反抗。洪武四年（1371年）五月，广州海盗李夫人、徐仙姑、钟福全等举兵海上。洪武六年（1373年）张汝厚、林福起兵。前者被官军击败，后者被占城国国王奉明朝之命出兵击败。
随着朱元璋的海禁政策日渐严厉，海盗作乱也愈发严重。洪武十四年（1381年）潮州梅县万安都人隆起组建海盗武装。二十年（1387年）周三在程乡县组织武装。
永乐年间，最令人吃惊的就是钦州海盗阮瑶。阮瑶战败后，其部属继续对抗明朝政府军，直到康熙二十九年（1690年）才被剿灭，在这长达二百八十多年的时间里，钦州海盗一直都是广东地方官的心腹之患。
自此以后，海盗的规模都较小。直到正统景泰年间，从广州海盗黄萧养开始，海盗的规模才日渐壮大。
第一代“海盗之王”顺天王
黄萧养出身于佃农，因为田地之争伤了人命。结果遇到大赦被放了出来，因为无以生计便做了海盗。被抓之后刚要被斩，却越狱成功。
黄萧养在狱中认识了一位狱友，是个江西商人。二人密谋越狱让人藏利斧于饭桶之中。1449年3月8日，二人砍断脚镣，率领囚徒冲入军器局，夺取了刀枪剑戟和盔甲等，攻击府衙不成便乘船出海。官军乘三艘战船追击，5月13日，黄萧养率囚犯在赤冈海口伏击成功。
