朱纨之死有其更深刻的原因。朱纨的提拔者是夏言。夏言遭严嵩陷害被杀后，作为夏言的亲信之一，朱纨被杀早在预料之中。朱纨之死，完全是“禁海派”与“弛禁派”斗争的结果。
在当时，对于海禁问题有以下一些观点。
1）闭关绝贡。张罛、归有光认为，不能为了区区微利，而造成百姓生灵涂炭。如今海寇之所以严重，全是互市的原因。当年郑和下西洋就有违祖制，引得那些亡命之徒勾引外夷，酿成百年之祸。
2）朝贡贸易的同时，进行积极的海禁。持此观点的主要代表是钱薇和朱纨、唐顺之，他们的主张是荡平走私窝点后，重新建立市舶，派遣高官监督，完全推行旧制。
3）海禁御倭。胡宗宪和屠仲律认为：倭寇数万人之所以能够长驱直入，完全在于国人之中的汉奸接济并为之向导。这和北疆敌人可以袭扰边关，其有汉奸相助是一个道理。因此，必须要严行稽查。
对船不能实行国初“寸板不得入海”的政策，这样会使沿海边民生计全无。所以，双桅尖底船要改为平底单桅，并对之做好记号，时常查验。
对货物，严查之。捕鱼船上的物品除了捕鱼之具和水米之外，如果有其他东西则予以没收。每处关卡都要有责任人，出了问题可以追究到个人。
4）宽海禁，开放民间海外贸易。持此观点的最有名的就是福建巡抚谭纶，其他人则有郭造卿、王言、王世懋、唐枢、郑晓等。
他们认为：细民以海为业，正如婴儿靠母乳为生一样。老百姓越穷越容易为盗，因此，禁也无用。每到捕黄鱼的时候，聚船数千都是犯法的，但谁又忍心禁止他们去捕鱼呢？与其这样，还不如松海禁。这样不但可以收取税务增加军饷开支，而且保证了百姓生计。
朱纨被杀后，通倭的海盗利益代言人获得空前胜利。海盗势力再次大起，明廷没有办法，最终派遣胡宗宪再次剿倭。卢镗、俞大猷开始整顿海防，然而，因为朱纨事件的影响，卢镗作为当事人也有些缩手缩脚。1553年闰三月，王直率领倭寇，领百余艘战船，在台湾到淮北的广大海域内进行抢掠，就连南京都受到威胁。
嘉靖皇帝在悔恨中，命南京兵部尚书张经，以都察院右副都御史总督南直隶、浙江、山东、两广、福建等处军务的身份处理倭寇事宜。但没有多久，张经在获得“王江经大捷”后，反被严嵩迫害处死。
其后，严嵩文靠胡宗宪，武靠戚继光、俞大猷，先后诱杀了王直、徐海等。直到嘉靖四十五年（1566年）倭寇之患才渐渐平息。随着倭寇侵扰高潮的退去，行将就木的嘉靖皇帝也似乎明白了问题所在，因此“海禁松弛”的时代再次来临。
