当时的社会环境，即使是知识分子的合法权益也很难得到保障，更不用说一般的工农群众了。一个有钱打仗却没钱办教育的政府，难道还要让大家去拥护？一个造就这样政府的社会制度，难道不应该换一换？
送钱来华的马林也没有参加在嘉兴南湖上的后半段会议。
几位关键人物的缺席，不免使刚刚成立的中国共产党带有一丝遗憾，彼此之间也失去了一次很好的交流沟通的机会。
“一大”之后，中共中央有了正式机关，在上海南成都路辅德里附近租了两栋房屋，一栋是书记办公室，另一栋是组织部办公室。负责指导中共中央工作的马林提出，要陈独秀从广州回到上海做党的专职工作，负起中共中央的领导责任，重新制订出切实可行的工作计划。马林对在上海中共中央机关工作的年轻人并不满意，他们差不多都不脱学生本色，尽管对革命热情很高，但社会斗争的经验不足。
重阳节前后，陈独秀从广州回到上海主持党务。党的领导工作虽然加强了，但陈独秀与马林的关系却变得越来越紧张。与处事低调而谦和的吴廷康截然不同，马林自命为“共产国际东方问题权威”，又带来了中国共产党成立的启动资金，行事风格难免表现出傲慢和专横，不太尊重中共中央。如在去苏联参加“远东劳苦人大会”的问题上，马林越俎代庖，在没有经过中共中央同意、甚至在其不知情的情况下，就派他的翻译张太雷前往参加，这让主持中共中央工作的陈独秀十分恼火。
性格孤傲的陈独秀不买马林的账，中共中央曾经试图缓和两人关系，先是让李汉俊与马林商谈，但李汉俊与马林也发生了争执，调解宣告失败。又派与陈独秀和马林接触比较多的张国焘出面，也没有成功——一边是恩师，一边是共产国际的特使，张国焘说谁都不合适，只好耍起了滑头。最后还是让马林的翻译张太雷出面斡旋。张太雷因家里贫穷，考上北大之后交不起学费，只好上了公费的北洋大学，因此他不是陈独秀的门生。
在张太雷的撮合下，陈独秀和马林总算见过两次面，两人不仅没有谈拢，而且矛盾更深了。到后来陈独秀干脆拒绝与马林见面，并闹到要求共产国际调回马林的地步。
除了性格之外，两人在中国共产党与共产国际之间的关系问题上，也分歧巨大。
马林认为中共中央应该无条件地接受共产国际的领导。如此一来，共产国际便可以名正言顺地在经济上资助中共。陈独秀则坚决反对，他认为中共中央应该保持独立性，尤其是在经济上不能过多依赖共产国际。
陈独秀坚持独立自主的观点，在今天看来很有道理，但中共在建党初期无论是经验还是经费都十分欠缺，共产国际对中共中央无论在政治还是在金钱上的帮助，都是必不可少的。党内的年轻同志都劝陈独秀从长计议。有一次在陈独秀的办公室内，张太雷劝道：“共产主义运动在全世界是一个整体，都应该在第三国际领导之下活动，中国共产党是第三国际的一个支部……”
张太雷话还没有说完，陈独秀就发起火来，打断了他：“中国革命要根据中国的历史条件和经济条件来推动。我们一无所有，犯不着戴人家的现成帽子，你的话同马林的话是一样的，我听不惯。”说完，陈独秀拿起帽子就要走。张太雷请他坐下来继续谈，但陈独秀还是很不高兴地拂袖而去。
