清华地处远郊，消息闭塞。它虽不是学潮发起者，却是运动中坚。
由于京城风声危急，梁思成和罗隆基把各校学生领袖请进清华工字厅，商议更大规模的行动，即引发全国声援的“六三运动”。在巨大压力下，徐世昌总统做出最后决定，拒签巴黎和约。但梁思成和数百位清华被捕同学仍不罢休，他们质问政府，何以非法抓人，迫使警察总监公开道歉。在清华军乐队护送下，梁思成率被捕释放同学，特意从总统府门前走过。那一刻，声动天地，观者如堵，警察再不敢稍加干涉。
五四学潮后，学生们忽然发现，在这个社会中，自己蕴涵着力量。借着这份狂喜，他们要把自己的力量转移到清华园。他们要把学潮中建立的学生代表团确定为常设机构，改称“清华学生自治会”。从1920年起，管理学生的传统方式寿终正寝，学生会成了学生的中心，他们开始过问校政，连校长人选都要干预。这使得管理清华的外交部在随后的两年中，一直找不到合适的校长去接管清华。
直到1922年春天，中国驻丹麦公使曹云祥继任校长，清华才重新过上平和的日子。高年级学生从平房宿舍搬进当年十分罕见的大楼，楼里有暖气炉和钢丝床，厕所里有淋浴和抽水马桶。1925年，曹校长宣布，组建“大学部”，招收清华史上第一批本科生。他要求大学部创建中文系、社会学系、政治系、物理系，为清华升格正式大学打好地基。
1926年，清华国学院主任吴宓，腾出手来，创办了中文系，并兼系主任。吴宓清楚地知道，同在他掌控之中的国学院和中文系，一个大师显赫，一个声名微弱，彼此星月悬殊。他大胆聘用时年28岁的朱自清做中文系教授，从而造就了一颗闪亮的文坛明星。
朱自清的著名散文《荷塘月色》，中国人耳熟能详。1927年仲夏，清华园平静如常，但此时的中国社会却因为国共分裂而血雨腥风。朱自清心中苦闷，当他徘徊到工字厅背后的荷塘，瞥见月光下婀娜的荷花，便写下《荷塘月色》。
1927年，真是个多事之秋。梁启超被切掉好肾，永别清华；王国维郁郁寡欢，投昆明湖自尽。国学院元气大伤，两年后，宣告关闭，大部分教授转入中文系。
1930年，朱自清代理中文系主任，开始了漫长的执政期。他提出，“用新观点研究旧文学，以创造新文学”，以此确立建系方针，终使清华中文系造就了一大批人才。
清华物理系有一座老式大楼，20世纪撼动中国物理学界的许多大人物，都曾在此留下过足迹。
1926年，物理学一代宗师叶企荪教授创办清华物理系，成为这座大楼的第一位主人。“文看外文，理看物理”，在清华校史中，外文系和物理系，曾是最显赫的两个大系。20世纪90年代，国家表彰核工业元勋，其中绝大多数是清华物理系出炉。
20年代的每一个初秋，清华西院的主人都要向花房订上十几盆菊花，放在石阶两旁。院子的主人，是大名鼎鼎的数学家熊庆来教授。买菊花，为的是取悦太太，因为太太的名字是“菊缘”，夫妻两人出生在同一年的同一个月份。
1927年，熊庆来为清华创办数学系。他引进欧洲先进的数学教育体系，在很短的时间里，把清华数学系变成了中国第一流的数学教研基地。
