问题是，他还没有开始干呢，政府的指责已经提前下来了：
军机处字寄，光绪二十五年十一月二十四日奉上谕：有人奏，山东民教不和，亟应持平办理一折，所奏语多中肯。其推原民教情形，亦确切近日情事。著袁世凯严饬各属，遇有民教之案，持平办理，不可徒恃兵力，转致民心惶惑。总之，操纵之妙在乎平时，地方官果为众情所服，遇事自不难化大为小，化有为无。其所陈慎重兵端，整顿史治，尤为扼要之论，原折著抄给阅看，将此谕令知之。等因。钦此。
这一切弄得袁世凯很莫名其妙。怎么12月26日接印当天（十一月二十四日）就有人奏我干得不好？
三天之后，也就是12月29日，政府又发来密谕。曰：
拳民聚众滋事，自无宽纵酿祸之理。惟目前办法，总以弹压解散为第一要义。如果寻击官兵，始终抗拒，不得已而示以兵威，亦应详察案情，分别办理，不可一意剿击，致令铤而走险，激成大祸。著袁世凯相机设法，慎之又慎，……毋轻听谣传，任令营员贪功喜事，稍涉操切，倘办理不善，以致腹地骚动，惟袁世凯是问。
这个谕旨更吓人了。
1900年1月3日，又有御使熙麟上奏，话说得更歹毒了：自袁世凯做了山东巡抚，东省人民因该侍郎乃袁世敦之弟，人心即甚惶惑。乃该侍郎初到署任，即有必将义和团匪类尽行剿绝之言。其所部将弁营勇，恃其声望，更是传播主剿之说，以为将在外君命有所不受，举有灭此朝食之势。于是讹言四起，人心更加惶惑……东省全境，不属于团，则属于教，属于团，已难猝办，属于教，何计挽回？山东一省，将不复为国家有矣。
这里需要解释几句，袁世敦，袁世凯那个同父异母的哥哥，现在山东做补用知府，前受山东巡抚毓贤指派，前往平原县镇压义和团。从地方官的角度，镇压义和团本是保护治安、维持秩序的，在御使笔下，却能变成动乱搅拌剂，不镇压还好，一镇压全乱套。这哪是正常人的思维呢？正是由于这御使的奏折，政府再次给袁世凯施压：“复有人奏，东省民心未定，宜徐筹开解镇抚之方，并虑及该署抚一意主剿，致滋事端等语。山东民教不和，总以弹压解散为第一要义，谅该署抚必能体察情形，分别办理，断不至一味操切，以致激成巨祸，有负委任。”
气死袁世凯了。1900年1月6日，在致徐世昌函中，我们可以看到他新官上任的具体情形：第一，接印之后，即开始办理匪案。先以解散晓谕为主，次再缉其匪首，以清祸根；如其抗拒不散，再派兵弹压；倘来格斗，再相机击歼，已可谓格外慎重。第二，正派人驰往办理间，即奉廷寄抄示京官奏请，戒弟以意气用事，徒恃兵力等语。此奏即在甘四日接印之期，似未免太早。东省事从何办起，只好暂作停顿。第三，查义和拳实系匪类，以仇教为名而阴逞不轨。初起时专掠教民，尚有良民附和之者。近则掠及良善，绑票勒赎，专以抢掠为生计。良民有集团协捕者。现平民已知其为匪，有业者各归农田，只剩数十悍匪，随处纠合无赖少年，或百余人或十人，任意抢掠，直掠至距省30里（计抢500余家，杀英人一名，焚教堂多处，如何得了）。地方官懔遵京官之奏，均不敢派兵剿除，胥役又不能捕，未知闹到何时始能了事。前任一味纵容，并出示讽煽。匪民自谓奉官所允，又为法所不禁。兵吏均不敢逼前，安得不猖獗也。第四，此处公牍每日不过一百五六十件，尚不甚忙。而前任公事积有两千五六百件，内有三四月尚未批者，又有请示正法案数起久未批者，并题本数十件未办者。此为大吏，时事可知矣。从来未闻有此懒人，何亦升任封圻耶。第五，东省民教不和，大半由于地方官办理未能持平。前任自己怕洋人而煽动百姓与人闹事，未免太左。
