正式训政开始后的当天晚上，杨崇伊到天津向荣禄出示训政之诏。一看老太后那边动手了，荣禄即将袁世凯招来，三人商议，想保全皇帝也不行了，而且再不揭密谭嗣同之事，自身不保。与其等着人家揭露，不如自己先裸。于是着杨崇伊于9月22日乘11时20分的专列离津回京。本来当天早晨有令停止京津火车，以便捕拿逃逸的康有为。但杨崇伊一介御史，竟然能打破禁令乘专列回京，肯定是负有重要使命，那就是受荣禄之托向太后告密。粗略估算，太后应在当晚前后得到密报。据说，当天太后还单独审问光绪一次，应该是得到密报后，娘俩亲自对质上了。9月23日，慈禧太后才有了大动作：第一，在勤政殿举行训政典礼。所谓的典礼，更像审判厅。慈禧拿出了查抄的各种信件，其中有杨锐、林旭依据皇帝旨意催促康有为离京的信函。太后问是谁的主意，光绪说是杨锐的主意；又问围园弑母一事，光绪说不知道。太后大怒。囚禁光绪皇帝于瀛台，将近御各太监看押，另派太监二十名以随侍的名义监视皇上。光绪从此除了早朝被拉去做太后的木偶外，其余时间均不得自由出入。第二，密谕捉拿谭嗣同等军机四贵及张荫桓、徐致靖等人，先行革职，交由邢部衙门审讯。
袁世凯事后的补告，加重了政变的程度。9月25日，政府即谕内阁，皇帝久病不治，京外如有好医生，请内外臣工保荐。同时召荣禄进京，其直隶总督一职着袁世凯暂行署理。
9月26日，荣禄离津赴京。据袁世凯《戊戌日记》，荣禄行前，他与荣禄相约，誓死保皇上。一方面，两人对光绪还是比较同情的，认为是维新党人害了皇上；另一方面，如果不保全皇上，康梁乱党不会罢休，外国人也会乘机干涉。
问题是荣禄所谓的保全既是暂时的，也是有限的。
所谓的暂时表现在，他接到进京圣旨的当天，清廷发出上述光绪帝求医的上谕，这预示太后要废掉光绪帝了。而他进京后，光绪只是暂时没病了，可以随太后参加一些公务活动；之后，光绪就永远病了，老太后甚至给他找上了新的接班人端郡王载漪的儿子溥隽。
所谓的有限表现在，荣禄建议无需审讯就杀掉谭嗣同等人，他的建议被接受了。荣禄怕在审讯中牵涉到光绪帝，但是光绪已被老太后审得跳进黄河也洗不清了。总之，你知道也好不知道也好，反正有负于我。其实，审审也许有好处。第一，杨锐若把真密诏拿出，光绪不只没有图谋太后的意思，就是变法，也仅是问大家如何能不惹太后不高兴而已。第二，省得康有为拿着篡改过的伪诏在外头忽悠了。既有辱改革家的名号，还让光绪背了黑锅。按黄彰健先生的说法是：如果康真心保皇，则应该宣布杨锐所奉真密诏；然却终未宣布，只宣布求救伪密诏，不是曲突徙薪而是火上加油。按王照的说法是：“太后与皇上之仇，遂终古不解。”第三，开不审而诛的先河，到了义和团时代，徐用仪、联元、立山、许景澄、袁昶等五个主和派也是不审即杀，制造出“庚子被祸五大臣”事件。第四，让外国人看得目瞪口呆，更加认定，中国政府真是野蛮政府，这么多高级官员，说杀就杀了，法律何在哉？
