朱元璋另一个史不绝书的善举，就是他的“晚年忧民益切”，从洪武二十六年（1393）至他去世时的洪武三十一年（1398），明朝曾多次打开官仓，赈济贫民。洪武二十六年（1393）四月，朱元璋更通告天下，规定从此后，凡有水旱灾害，地方官员可以不经请示，先行打开官仓赈济百姓。洪武二十八年（1395）八月起，明朝更开始通过派遣教官、建立学堂等方式，在西南少数民族土司地区推广文教。即使在人生的最后时刻，朱元璋依然在遗诏中叮嘱：“自己去世后，丧礼不要用金银器皿，全国的臣民，在哀悼满三天后，就要脱下孝服，不要因为国丧，影响老百姓家的正常生活。”“忧民”之心，直到生命终止。
朱元璋临终前最“忧”的，就是孙儿朱允炆能否顺利接班，对朱允炆构成最大挑战的，自然是他的那些叔叔--手握重兵的藩王们。而作为建文帝朱允炆即位后最大威胁的燕王朱棣，在朱元璋活着时，却是口碑最好的一个。《典故纪闻》里记载，做燕王时候的朱棣，不但自己生活简朴，且关心民生，时常去辖区内农户家私访，与农户同吃同住，了解民生。洪武二十七年（1395），朱棣境内粮食大丰收，还特意送特产的巨型稻谷“嘉禾”至南京。高岱的《献猷录》里说，朱元璋高兴得当场为朱棣赋诗一首。这位在后来成为朱允炆的大威胁，当时却是一位有口皆碑的贤明王爷。
朱标死后，按照《明实录》记载，朱元璋不是没有动过念头，从其他皇子中选择接班人，但究竟怎么办，他自己也很纠结。朱棣的两个哥哥--秦王和晋王，都有诸多不法行为，皇子中最合适的，无疑是朱棣了。但关键时刻，大学士刘三吾一句话，却让朱元璋猛醒：“皇上如果立燕王为储君，那会把秦王和晋王置于何地呢？”正是这个问题，让朱元璋决定立朱允炆为皇太孙。巧合的是，作出决定后的半年内，秦王和晋王就相继病故，原本是贤明天子的朱棣，也就成了皇太孙最大的威胁。
朱元璋的遗嘱里，却明确要求藩王们不许来南京奔丧，以防藩王造反作乱。关于这个问题，朱棣登基后由御用文人编修的《太祖实录》里，有一些类似电视剧的悲情情节：比如朱元璋在病榻上念念不忘朱棣的名字，吵着要见朱棣，却被“心怀叵测”的朱允炆阻挠。得到消息的朱棣匆匆赶来见父亲最后一面，更被狠心的朱允炆挡在南京城外。朱棣起兵造反的时候，他的檄文《奉天靖难记》里更质问：“哪里有父亲病故，儿子连见一面都不能的道理。”即认定朱元璋的《遗诏》是“伪诏”。直到近二百年后，万历《明会典》里才还原了真相：朱元璋临终的遗诏，要求诸皇子“不必至京师”。可见对藩王的威胁，朱元璋早就深知。
