11月6日，日军占领金州城，收缴到清军逃跑时遗弃的文书，才知晓多日失去联系的侦察小队被处死的事实。2月初，在清国当地一王姓居民的引导下，日军找到“三崎”的埋葬之所，挖开掩埋身首异处的“三崎”的三尺冻土，其遗骸惨不忍睹。山地元治师团长为三人下葬，并题碑文，对清军严刑拷打下已然招供，却仍然处以斩刑的非人道行为发誓复仇。三崎的遗体埋葬在金州城北门前的山上，碑文刻“大日本志士舍生取义之碑”，山壁上用红色朱桐油书写“三崎山”大字。辽东半岛归还清国后，三崎的遗骨被带回本国，葬于东京高轮泉岳寺。脱逃的向野坚一郎继续在清军周边单独侦察测绘，把收集到的清军布防情报交给了第一师团的乃木将军。
日本军方还善于雇用民间人士刺探清国军事情报，其中的代表人物是为海军服务的宗方小太郎。一段历史资料记述了宗方执行任务时的情形：“日清战争爆发前，宗方小太郎带着海军嘱托的任务，离开汉口经上海前往山东芝罘。7月6日秘密潜入威海卫军港，为防身份暴露遭遇不测，他决意放弃原来同行的清国人，自己脱文服改野装，扮成清人模样，独自一人勇闯龙穴。8日他带病从领事馆徒步出发，10日到达威海卫，立即对港湾进行秘密观察。11日侦查到多数军舰停泊在湾内，便立即返回芝罘报告。19日领事馆接到别路侦查员关于镇远舰以下14艘清舰即将前往朝鲜的报告，22日宗方再度只身前往威海卫侦查，绘制了港内军舰和炮台布防图。28日赶回天津，向领事馆神尾少佐汇报侦查结果，31日再度潜回芝罘。日清战争爆发后，宗方是最后一个离开芝罘的日本人，继续收集清舰在威海卫和旅顺间的活动情报。由于传递的情报被清军截获，大本营命令身陷险境的宗方立即前往上海乘船逃出清国。8月29日，宗方冒充清国人在芝罘搭乘去上海的客船，航行途中竟然遇见6个熟面孔，其中一人是南京长江水师把总蔡氏。宗方冒死来到蔡氏的房间，恳求不要向他人揭穿自己日本人的身份，其余5个熟人都给他巧妙地躲避了过去。客船进入上海吴淞口，被清国水师军舰截住临检，所有清国官吏和西洋人都登上甲板，查问其中是否藏有日本人，船长回答此船没有载乘日本人，宗方再次躲过被捕危机。9月7日，宗方到达上海，换洋服改乘英国船离开了上海，11日无事抵达长崎。16日收到大本营的“天皇赐予特别破格召见的内命。”因宗方小太郎为日军刺探情报成绩卓著，10月4日在广岛大本营受到天皇陛下的召见，谒见历时两个小时。
日军为了应对未来的战争，在满洲、山东、台湾各地测绘制作了大量军事地图，日军称之为“测量事业”。这些军事地图在十年后的日俄战争中发挥了重大作用，是日军二度登陆东北，打败强敌俄国军队的向导。1894年8月，日清宣战，大本营为了作战的需要，在第一军、第二军都增设了测量班。9月1日，第一军测量班在陆军测量部地形科编成，班长步兵大尉依田正忠分属第一军司令部。14日该班到达朝鲜京城，分成两个小组，一组进入成欢，一组进入平壤，开始测绘作业。之后两组汇合北进，在与清国的作战地域从事测绘作业。1895年5月23日，军部所要地图全部制作完成，测绘总面积102.72方里（1方里约等于15.423平方公里）。1894年10月11日，第二军测量班在陆军测量部地形科编成，班长步兵大尉服部直彦分属第二军司令部。24日花园口登陆后，立即着手附近地形的测绘作业。1895年3月3日完成辽东半岛及山东半岛作战地域的全部制图作业，测绘总面积166.42方里。
1894年11月21日，日军参谋总长下达命令，编成临时测绘部，要求对作战地域进行全面测绘制图。临时测绘部长工兵中佐关定晖从陆地测量部选拔干部，募集临时测绘雇员，施以专业职能的培训。12月15日临时测绘部编成，翌年2月13日旅顺口登岸，17日到达金州，设立测绘本部。临时测绘部以凤凰城、金州、海城、大孤山、复州附近地域为对象分成五个班，20日各班投入测绘作业。5月下旬，各班担任的测绘任务全部完成，6月上旬测绘部派四名测量手，编入赴澎湖列岛作战的混成支队，从事测图作业。归国后的临时测图部又接到大本营前往台湾、朝鲜测图的命令，由步兵少佐服部直彦担任部长，一班至四班前往朝鲜；第五班编成独立班，前往台湾。
