据事后了解，确系日本外务省又有异议，电令删改。因田中虽兼外务首相，而由政务次官森恪操实权。森恪出身于三井财阀，系三井财团一流人物。田中侵华政策，有其在后撑腰。加之其对于外交又非内行，又有点众议员野性，对于其在外代表的立场，不假思索，故出此轻率之举。芳泽自知理亏，甘受王正廷之严厉斥责而不加多辩。此后数日，中方鄙之不屑为对手，芳泽就在上海寓所借酒浇愁。一天周龙光去访他，芳泽一筹莫展，最后举杯向周龙光说：“哎！周先生，我真想跳黄浦江去！”说完连连摇头。
交涉再三发生变化。以后改为周龙光与日本驻沪总领事重光葵秘密会谈。到由外交部长王正廷和日本公使芳泽谦吉终于签订协定，则是翌年3月28日的事了。协定没有追究任何一方的军事责任，而只决定了：一、自签订日起两个月内，日军在山东的驻军全部撤退。二、双方损害，共同组织调查委员会另行调查等项。
中国外交官蔡公时之被残杀，不再追究，赔偿损失问题实际也予以搁置。这是由于中国方面片面让步而告终结。然而，“济南惨案”在中国民众中，无疑是一把烈火，抗日情绪燃遍了全国每一角落。在日本，则敞开了军阀专横干政的大门。同时，这更是在日本昭和时期将中日关系搅拌上火药、涂满了鲜血的最初一个记号。
