一、政教分离原则和信仰自由的原则
政教分离与信仰自由的原则，起源于基督教中耶稣对弟子的教诲，成形于新教的“因信称义”教义。
在基督教史上，最先提出政教分离原则的是耶稣。据《圣经》记载，在回答法利赛人提出的是否应该向皇帝纳税的问题时，耶稣回答说，“恺撒的归恺撒，上帝的归上帝”。众所周知，恺撒是耶稣时代罗马皇帝的称呼，在这里，恺撒代表世俗政府，上帝代表宗教，这句话的意思可以理解为“政府的归政府，上帝的归上帝”。这句话，被后来的新教徒认为是政教分离原则的教义依据。
早期的基督教徒忠实地执行了政教分离的原则，他们从来没有尝试去干涉政府的世俗权力，或者尝试去让教会行使政府的权力，很长一段时间，基督教仅仅作为民间信仰在社会流传。到了罗马帝国的晚期，从基督教皇帝君士坦丁开始，基督教成了国家支持和维护的宗教，开始了与政权的结合。以后的皇帝也看到了基督教的可利用价值，开始尊基督教为国教。这个时代的政教结合，还仅仅是政权对教权的干预，反映着基督教作为民间信仰承受政权压迫的传统，政权力量优越于教权，教权则对皇权的世俗事物尚无实质的影响，皇帝除了在精神上受宗教的影响之外，不让教会人士干涉世俗的统治，也不会给教会以世俗的权力。比如在君士坦丁时代，君士坦丁就称自己为主教中的主教，并且在君士坦丁的主持下，教会平息了教义的争论，形成了著名的尼西亚信经。
发展到了天主教时代，天主教的教义中因为包含有“因行为称义”的思想，以及因为欧洲的王权的宗教结合的需要，基督教开始了与政权的密切结合，王权的代表者往往就是教权的首领，执掌和管理着教会，或者教会被赋予了相当程度的世俗权力，成为近似于政教合一的宗教。
