第四总管理局：负责克格勃的交通运输。
第五总管理局：负责监视并清除各种持不同政见者，20世纪80年代末改为保卫宪法制度总管理局。
第六总管理局：负责经济安全。
第七总管理局：负责户外监视和跟踪。
第八总管理局：负责通讯和密码。
第九总管理局：负责领导人的安全保卫。
第十总管理局；负责管理档案。
第十二总管理局：负责窃听。
第十五总管理局：负责通讯检查和信号情报。
第十六总管理局：负责政府机构保密工作。
此外，还有边防军总管理局和克格勃高等学校。克格勃认为，间谍可以被培养出来，任何人都能在系统培训之后成为一个真正的高级间谍。
当时的克格勃实际上成了国中之国，它渗透到了国内的所有领域和部门，能够控制社会生活的所有方面。克格勃的最后一任主席巴卡京指出：“克格勃成为这样一个不受监督和控制、只听命于最高领导层的超级机构，它的末日也就为期不远了。”
苏联解体后，俄罗斯继承了克格勃的相关机构，并改名为联邦安全局（FSB）。
苏共之后，俄罗斯特工机构和当权者尤其是总统的关系变得扑朔迷离。先是克格勃的领导人弗拉基米尔·克留奇科夫参与策划八月政变。随后是鲍里斯·叶利钦极为小心地应对特工机构，致力于削减其权力，瓦解其机构，并在这些机构之间设立矛盾，维持一种脆弱的节制与平衡系统。
到普京执政后，克格勃出身的人有很多都受到重用。据俄社科院估计，俄政要中至少25％有“浓厚的克格勃背景”。而俄罗斯各类大型公司中的领导职务也有许多由“克格勃退休干部”担任。据统计，普京第一任期结束时，重要职位的官员中有一半都是“戴过肩章的人”，其中包括总统顾问、政府部长、联邦区总统代表、州长等。相应地，百姓对特工的看法也发生了极大的变化。
而这些克格勃的储备人员的大量上位也是普京饱受西方和国内反对势力诟病的一点。
安德烈·索尔达托夫、伊琳娜·博罗甘在《普京与俄联邦安全局的权贵之路》中这样描述当前俄罗斯神秘的特工组织：
“它是一个独立机构，不受政党控制，亦脱离议会监督。如果说该机构也有意识形态，那这个意识形态就是致力于实现国家稳定和秩序。如今，效力于此的人们，不仅将自己看做是克格勃的继承者，更自视为当年沙皇秘密警察的继任者……”
该书认为，在普京掌权几年后，联邦安全局不受议会节制，也没有竞争对手，早就不是简简单单克格勃的再生，而是在前克格勃成员的庇护下，进化得更为强大。
红旗学院的普拉托夫
世界上多数国家都有专门的特工培训机构。发达国家对此尤其重视。这些机构通常按照特殊的大纲在几年时间里目标明确地培养专业谍报人员。不同国家的大纲虽然各有特色，但原则却是基本相通的。苏联的克格勃有这样一种理念：特工可以被培养出来。任何人都能够被培养成一名真正的训练有素、业务娴熟的高级间谍。红旗学院就是克格勃培训谍报人员的专门教学机构。
普京在红旗学院学习的那个训练部，曾经被学员私下里叫做“尤尔马拉”。
红旗学院的学员们学习的内容各不相同，具体哪个学员会学习什么，并不由学院决定，而是由那些来自第一总局各办事处的“买主”们决定。
