此时，身在澎湖的施琅脑子也是清醒的。他已进入暮年，已经不是当年那个乳臭未干的鲁莽小毛头，岁月让他学会冷静处事、学会审时度势。并非不恨郑氏父子，毕竟他不是木头人，从父至子，三代冤怨都纠结一起，这么多年都让他耿耿于怀、心绪难平。但是他也清楚，水师舰队中，许多人都是从郑氏军队那边降来的，旧情谊多少仍丝丝牵连，即使从未入过郑军，暗地里也难保不对郑成功的硬骨头心存几丝敬意。人头落地，鲜血四溅，私仇尽管报了，人心或许也就失了，孰轻孰重？况且，如今他已经是大清的臣子，必然得听命于大清天子，既然康熙帝都已经后退一步，慈悲为怀，他又怎么敢再公然泄一己之恨？此时台湾那边的郑军尚有4万余人，将士数倍于清军，水道又非常复杂险恶，真要针尖对麦芒一番，必然又是一场血流成河的硬战。杀其父、其弟、其子的人，如今都已经作古，而他仍好好活着，要论胜负输赢，已经不言自明，他还有什么必要滥开杀戒再结新仇？
施琅在澎湖逗留的时间并不长，前后仅两个多月。他确实也无心多留，台湾本岛才是他的目标，况且这么多兵员屯在粮草淡水资源都有限的澎湖岛上，终究不是长久之计。
这两个多月里，他在澎湖期间做了几件事：一、向百姓贴出安民告示，让他们尽可安心过日子，并表示将向朝廷提请免除他们的徭税差役，以利休养生息；二、优抚战俘，从海里捞上来的给衣穿给酒喝，有伤者给治疗，愿降清的马上纳入队伍，再从他们中挑出一些刘国轩的部下好友，让其回台劝降，并亲笔写下《约法三章》，保证对昔日恩怨一概不予追究。
澎湖马公镇中央街有座其貌不扬的小祠，称为施公祠，它是台澎地区唯一专祀施琅的祠堂。原先台南也有一座，但康熙五十九年（1720年）毁于一场地震后，就不再重修。两座施公祠都是在施琅生前建起的，当地有一种说法，因为施琅当年善待郑军俘虏，反对迁民弃地，使台民避免辗转之苦，所以台民建祠以报其恩德。
攻心战果真把郑氏集团内部攻得分崩离析，连从澎湖逃回的刘国轩也只能长叹：“众志瓦解，守亦实难。”年纪尚小的郑克塽在哗啦啦一泄千里的溃败面前，也根本不可能有更好的选择，七月二十二日，他下令岛上军民削发降清。
然而，一个叫朱术桂的人却不愿意。
朱术桂是明太祖朱元璋的后裔，被隆武帝之后在广东肇庆称帝的南明永历帝朱由榔封为宁靖王。1664年郑经特地把其从闽南迎请到台湾，将他视为明朝正统，并供奉岁禄，使之成为一个精神象征。（朱术桂小注）
台南市的大天后宫，当年就是郑经特地为朱术桂修建的宁靖王府邸，一直到现在，其雕梁画柱仍透着几分恢弘的帝王气派。与所有中国传统建筑喜好坐北朝南不同，宁靖王府选择了坐东面西，而西边那个方向，就是大陆，就是曾经的故国。
原先宁靖王府临海，府门一开，汪洋波涛尽现眼底，仿佛一脚踏出府外，登舟扬帆，就能回到旧日五光十色的华丽梦乡中。可是已经孱弱如风前烛的皇家后人，狼狈龟缩孤岛之上，在日落月起之间，引颈眺望，也只看得见朱氏王朝渐行渐远的黯淡背影。本以为万里海域可以为盾，郑氏家族能够为伞，就那样苟活着，姑且为曾经的皇族、曾经的大明帝国将仅存的旗帜插起，然而，偏偏连这样的日子最终也无法支撑下去了。清军来了，刀枪对准郑氏，但没有人能够保证，其刀刃上锐利的寒光不会伤及朱氏。（宁靖王府图片1、2、3）
