1683年6月14日，2万多名福建水师官兵和300余艘战船从东山岛的宫前港出发了。在经过13年的蛰伏以及这两年与姚启圣间动静如此之大的纷争之后，施琅知道这次出征意味着什么。那天，他特地把自己的4个儿子以及20多个堂弟或同族侄子分散到各条船上，破釜沉舟，同生共死。
最先攻取的目标仍然是原先计划中的澎湖。(澎湖图片6张合适安排)
东山那时还称铜山，与澎湖相距约八十海里。此时台湾海峡正是一年中最好的季节，天高云淡，海天剔透，而最为关键的是他们运气不错，没有台风。出海的那天甚至南风盛行、风平浪静，舰队第二天下午就抵达了澎湖列岛第二大岛西屿，以及周边的猫屿、花屿和草屿。
第三天，双方开始交火。
那时把守澎湖的郑军在军事对比上，并不处劣势：总兵力2万余人、各种战船200余艘，在险要位置还密布各式大炮火枪，防御工事绵延20余里。而澎湖诸岛外珊瑚密布，礁石林立，外来的船轻易难以停泊靠岸，而在这样台风多发的季节，船只悬在海面，一旦刮起风，唯有葬身鱼腹的命运。
但风还是没来，一直没来。
天助了施琅，助了大清。
澎湖之战持续了七八天，炮火连天，烽烟弥漫，双方伤亡都很严重。清军这边，先锋蓝理腹部中弹，肠子外流，施琅右眼也被箭所伤；而郑军那方，将领死伤300多人，士兵被歼1万多名。六月二十二日傍晚，郑军终于不支，向台湾本岛败退。
败退的人中包括统领整个郑氏集团军务的武平侯刘国轩。（刘国轩小注）
刘国轩是闽西长汀人，17岁投入清军，25岁转投郑成功，从此在郑氏旗下出生入死近30年，历郑成功、郑经、郑克塽三代。应该说，对郑氏三代人以及郑氏政权的种种是非曲直，刘国轩都太了解了，而他对施琅也同样了解。当年他曾在施琅手下任过职，对于这个人的才智与能力，早已几分敬又几分畏。施琅在对岸厉兵铢马时，刘国轩并没有大意，排兵布阵也竭尽全力；施琅来了，他起身相迎，也一直不惜性命坐阵第一线指挥。
但是，终究他不是施琅的对手，或者说此时的郑军已经根本不是清军的对手了，溃败几成定局。
澎湖离台南24海里，向来被看成是台湾的咽喉重地。澎湖一失，台湾岛就岌岌可危了，岛内顿时一片慌乱。有人甚至想到走为上，远遁吕宋（今菲律宾），苟且保存性命。
但这个主意被从澎湖逃回岛上的刘国轩阻止了。
在损兵折将、气数已尽之时，郑氏集团已经是一艘千疮百孔的破船，还怎么能承受得了万里海涛的颠簸折腾？当然也有人猜测刘国轩阻挡之举，实则因为他已经对郑氏万念俱灰，他被施琅策反在先，早就生出二心，要替清朝廷堵住这些人的南遁之路。
人家攻来，挡不住；欲夹着尾巴狼狈外逃，又已经断了起航的桅杆。可怜那个尚是懵懂少年的郑克塽，莫名其妙被一场阴谋政变推上王位，转眼间连天的险恶却已经山一样向他扑来了。
攻下澎湖的捷报此时也飞抵京城，面对众多大臣要求诛杀郑氏九族的提议，康熙皇帝此时说出一句至关重要的话：“君子以德报怨，不可耿耿于怀于旧隙。”他还下达谕旨，派人火速送往澎湖，告示说只要郑氏部将纳土归来，既往不咎，并且从优任用，妥善安置。
与郑氏之间的争战已经持续太久了，劳民伤财，太多无辜者被牵连其中，抚之为善，利国利民。是权衡利弊后的结果，还是迫于无奈？总之在这个紧要关头，康熙皇帝确实做出了一个最好的选择。
