由于必须应对郑氏军队，十几年来沿海一直驻有重兵，单军饷每年大约就必须消耗掉230余万两。而从康熙元年1662年持续下来的迁界禁海，又使沿海大片肥沃之地抛荒闲置。台湾问题一日不解决，康熙就一日无法做到“国唯一主”。这事无论如何都迁就不得、马虎不了。
然而，派谁渡海征战呢？
八旗将士能征善战者不乏其人，却大多只局限于广阔平原以及马背上，而台湾海峡风大浪险，气候更是变幻莫测，若非熟悉水战又了解郑氏军队情况者，根本不可能有丝毫取胜的把握。
此时，有人举荐了施琅。
从1668年离开福建水师提督一职，施琅已经在京赋闲13年了。13个春起秋落，多少心事都付之东流了，而他却一直没有将孤悬海上的台湾岛以及岛上的郑氏遗忘。
事实上他也没法忘记。
1674年，郑经参与三藩之乱，从台湾重返大陆期间，把施琅留在泉州晋江老家料理家业的长子施世泽俘获了。1677年施世泽从郑军中逃脱，第二年又再次被俘。其间，施琅的一个侄子施明良也有相似的命运。郑经起初对这两个施家子弟并没有为难，反而授其官职，予以任用。此举也曾被认为是反间计，意在置身处清朝廷之中的施琅于尴尬境地，令左右大臣更对其疑虑丛生。当然，轻率的猜测终归没有多少依据，在非常时期郑经爱惜人才、不计旧仇也不是完全没有可能。
但是，意外还是发生了。
康熙十九年（1680年）二月，福建总督姚启圣与施世泽、施明良暗中联络，打算让其做内应，策反郑军。这事进行得不顺，消息竟意外泄露。郑经得讯大怒，便一口气将施世泽、施明良及其全家大小73口人全部沉尸海底。（姚启圣小注）
郑施两家在沉甸甸的旧恨之上，又赫然添上了更加血淋淋的新仇。
向康熙皇帝极力举荐施琅的人，一个是福建南安籍的内阁大学士李光地，另一个就是福建总督姚启圣。其实从几年前，姚启圣就开始接二连三地上疏，并与福建省文武官员一起具名联保施琅重任福建水师提督一职。康熙二十年（1681年）的六月，姚启圣又一次为施琅上疏，这次他下手很重，做得很绝——甚至以全家121口人的性命，担保施琅并没有二心，没有反清通郑，“破台湾非水师不可，习水师非琅不可，请用琅为水师提督”。姚启圣是浙江会稽人，跟施琅非亲非故，之前两人连往来应该都不曾有过，但姚启圣还是大胆地将全家性命都赌了进去。关于施琅的能力他肯定听到很多，而施琅儿子与侄子被郑经杀死后，他暗地里又做了大量的调查，他有把握，相信不会有诈。
既是如此，康熙皇帝心也一松。这一年七月二十八日，终于下诏，让闲置十几年的施琅重出江湖，谕命其为福建水师提督加太子少保，而原福建水师提督万正色则改任陆路提督。
台湾和澎湖可以进攻了。
康熙为此特地召见了施琅，让施琅详细谈一谈攻台的设想与做法。
这一刻施琅已经等太久太久了。
1681年农历八月，已经年满六十的施琅重新披上战袍。从抵达厦门的那一天起，长期懈于训练的福建水师，就被他严加管治起来。他年事已高，他没有时间再耽搁。吸取十几年前三次因飓风而致攻台失败的教训，此次他决定改变起航的时间，由秋季改为夏季。
图片;全国重点文物保护单位、施琅史迹——施琅雕像 奚毅文摄
不料，正是在起航的时间与线路等问题上，原本可以竭诚合作的施琅与姚启圣，却很快就闹得相当不愉快了。姚启圣认为十月应是东渡的最好时期，十月北风吹起，舟师可从金门乘风出行，直抵台湾本岛，而无需依赖澎湖做过渡费时费力消耗军粮。姚启圣是福建总督，本来就拥有统辖全省兵马与节制提督的权力，何况施琅这个水师提督又是他以全家百口性命担保来的，所以他不觉得由自己来做决定有什么不妥。但对手是施琅，不妥还是出现了。深谙海峡气候与风浪的施琅，13年前乘北风攻台已经失败过了，这么多年他穷思细想，还是觉得乘南风从东山岛挥师更有利。南风是夏季五六月间才有，那时虽正处于台风季节，但只要不恰巧碰上，海面上就风轻浪平，完全可以直奔澎湖。而拿下澎湖便等于扼住台湾的咽喉。
另外，从金门直接赴台湾，需横跨200多千米的航线，后援线太长，要冒更大的风险。
好像都有理，也都是以攻下台湾为出发点。但是因为观点相左，就有点针尖对麦芒了。乍一看，作为总督，姚启圣确实更高一级，偏偏在官职上他却仅是二品，而施琅却是从一品，两人相持不下时，施琅于那年三月初一直接给康熙上了《密陈专征疏》，既解释了攻台的设想与理由，又指出姚启圣虽然也“矢志灭贼，国尔忘身”，但“唯是生长北方，虽有经纬全才，汪洋巨浪之中恐非所长”，所以建议康熙让他一人独自率军出征，而让姚圣启留守厦门，只需负责粮饷、战船等后勤的征调与保障就行了。这等于是打了小报告，搞了小动作。
康熙没有马上同意，而是将密疏交兵部商议。
三月十七日，宁海将军喇哈达召集姚启圣、施琅等人在泉州商讨这件事时，姚启圣竟从喇哈达那里无意中看到了施琅的这封密疏。那一刻，姚启圣无疑五雷轰顶。这些年为施琅所付出的种种努力，终于化为万千委屈与恼火，他悲从心生，也怒不可遏。两人关系彻底恶化。
姚启圣哪里是可以任人随便捏掐的烂柿子？他与郑成功同龄，也出生于明天启四年（1624年），10岁能文，39岁中举，貌魁梧，一向性情豪放，据说臂力惊人，双手能勒住奔马，曾使用二十石弓。也就是说，就是论武，他也不是外行，不是懦夫。
之后，姚启圣开始反击，也屡次上奏康熙。而施琅更没消停下来。两人较上劲了，你来我往，上奏的频率此起彼伏，宛若雪片。最后是大学士李光地出面调解，李光地与施琅是同乡，交情深厚，知根知底，而康熙在经过多方征求意见后，也终于将天平倒向施琅，同意让施琅独自专征。
