在提议推行屯田制度的同时，陈永华还提出兴办教育的设想。
许多历史往事堆砌在烟尘里已经只配做垃圾，但有些历史今天回望起来却仍然非常有价值：台湾全岛如今有40多座孔庙，而第一座孔庙则兴建于康熙四年（1665年），第二年正月竣工。陈永华在此设立“太学”，自任主持人，亲自传授弟子，另外一些大陆来的文人学士也被召来充当教师。
那时的台湾，尚没有日历与文字，计算时间是以月圆为月、十月为年，教育业几乎还是一张白纸。如此情况下，仅有一座富丽堂皇的孔庙肯定是不够的，于是规定，凡汉人居住的村社，都必须设立学校，所有年满8岁的孩童，都得入学，由东渡来台的那些大陆儒生教导汉文，学习儒家经史文章。而当地少数民族子弟入学，则以免除徭役作为激励。
能征善战不是一个空洞的词汇，支撑着它的除了与生俱来的智慧、胆略、气度之外，更重要的是知识，而知识素养源源不断的培育与储备，往往又是一个政权能够长治久安的一个重要条件。大概正是基于此，郑经在稍有犹豫之后，还是接受了陈永华的倡议。
台湾有史以来最早的一场考试开始了。按规定，天兴州、万年州每三年举行一次考试，州试胜出者，参加府试，府试通过了再送院试，而院试录取者，就可以获准进入“太学”深造了。就是说，这座孔庙在当时，是台湾读书人最仰望的高处。凡在里头苦读3年得以毕业，就可以学而优则仕，踏进官场，成为享用俸禄之人了。
毫无疑问，在推行台湾文化教育方面，陈永华功不可没。今天台南市位于孔庙对面不远处仍有一座小庙，名为“永华宫”，宫内所供奉的神明“广泽尊王”，就是当年陈永华从福建迎请来的。而陈永华死后，也由人而神，当地百姓也在宫内供奉起“陈永华参军”塑像，祭拜的香火至今不灭。
除了寺庙，台南市政府旁有一条路，一直到今天，也仍然是以陈永华的名字来命名的。而高雄县内湖乡那个“参军庄”地名的得来，则正由于此处曾是当年咨事参军陈永华的垦屯之地。
台南六甲赤山的龙湖岩寺，据说由陈永华所建。在这之前，郑经在承天府东安坊也修建了一座弥陀寺。如今，它们是台湾现今保存最为古老的两座佛教寺院。从那时起，台湾宗教日盛，单佛教寺庙，如今就高达4000多座，小佛堂精舍也有数千，信徒480多万，僧尼则有3万多位。（弥陀寺小注）
关于陈永华，最富传奇色彩的是与洪门天地会相关的传说。
天地会以异姓结盟，拜天为父，拜地为母，又因为明太祖年号是洪武，所以他们取洪为名，尊化名为“万云龙”的郑成功为龙头大哥，从事反清复明的行动。这个秘密组织清初时在漳州出现，一直持续了200多年，至民国仍未绝迹。除天地会本名外，还有添弟、小刀、双刀、父母、三点、三合等十几种名称，鸦片战争后又出现了哥老会等大量分支。这个神秘而生命力强大的组织，传说中是由一个叫“陈近南”的人创立的，而“陈近南”，很多人相信就是陈永华的化名。陈永华在台南六甲乡龙湖村所修建的那座龙湖岩，因此也被很多人看成是天地会的发祥地。（天地会小注）
有一种民俗表演至今仍在台南、高雄等地流行，称为“宋江阵”。
关于“宋江阵”的来历，有多种说法，或认为是《水浒传》英雄好汉攻城所用的武阵，或认为是从明代戚继光“藤牌兵”、“鸳鸯阵”演变而来的。还有一种说法则与陈永华有关。（宋江阵图片，五张随便用，根据版面合适安排）
为了方便治理台湾，陈永华提出“寓政于教”的政策，结合民间信仰与地方武力，将郑氏军中赫赫有名的藤牌兵“五花操兵法”，演化成这样一种颇具观赏性与实用性的阵式。
曾被郑成功以“当世孔明”相看的陈永华，确实也倾出自己所有的才智，试图将郑氏政权辅佐起来，辅佐得风调雨顺、万古长青。他竭力了，只差也挥毫写下《出师表》，表明“臣鞠躬尽瘁，死而后已”这样的心迹。
那一时期，曾经颇受郑成功器重的沈光文，因为对郑经执政后的一些做法不能认同，便写诗予以讥讽，竟惹恼郑经，险些被杀。不得已，他避居入山中寺庙，削发为僧。后还俗，移居台南平埔人目加溜湾社，也就是今天的台南安定乡。渐入暮年的沈光文在此设立私塾，招收平埔人子弟教授汉文，从另一途径对中华文化在台湾进行传播。
