此时对岸的迁界海禁仍在持续中，甚至在1678年，康熙皇帝再一次下令禁海迁界，并委任刚刚由福建布政司破格提升上来的福建总督姚启圣不惜一切代价严厉督办。祖祖辈辈耕种的土地在一夜之间丧失了，而一海之隔的台湾却频频招手，于是那期间，泉州、漳州、惠州、潮州等地大批流离失所的百姓就冒险越过迁界线，络绎不绝赴台耕种。
没有明确史料记载当时台湾究竟有多少人口。连横的《台湾通史》中说：“其时航海而至者十数万人。”但《台湾省通志?人口篇》中却认为“当时台湾汉族人口大约为12万”。而葛剑雄教授在其主编的《中国移民史》一书中，则估计“可能达到15万人左右”。（连横小注）
郑经其实也渴望建功立业，渴望把“虎父无犬子”这种说法有力地再证明一次，证明给天下人看。主政后，他把原先郑成功建立的府县制与官制进一步完善，改“东都”为“东宁”，将天兴县、万年县升为天兴州、万年州，在澎湖安抚司之外，再设南北路两安抚司，并把大陆的坊里制引进来，这样就形成了东宁政权一府、两州、三司的行政区划雏形。同时在汉人居住区建立起里户籍保甲，在当地少数民族聚居地也设社管理。
有台湾学者认为，1661~1683年的23年间，来台耕垦者达12万人之众。他们中大部分来自闽南泉州、漳州以及广东等地。随着人口的增加与耕地的扩大，所开发的地区，从最初的台南，渐渐往外延伸，中央山脉西侧的淡水、新竹、大甲、彰化、北港、高雄等地逐一被拓垦。土地刚开垦时就一年三熟，不仅戍守之兵，就是当地居民也大都可以丰衣足食。那期间每年甚至有大约30万担的稻谷卖到日本、波斯一带，也有人偷偷运回泉州、漳州等地贩卖。而往吕宋等东南亚一带，则贩卖去苏木、胡椒、檀香、降香、苏合香、象牙、丁香等各种香料，从日本购回的则是铅铜、盔甲、器械等等。
台南市北区大甲里曾有一座烧砖火窑，是来此开垦的大陆移民带来的。不仅烧窑，那时包括制糖、制盐、制瓦的技术也相继传来。比如制盐方法，就从煎煮改成了日晒，令盐的产量大幅提高。
这一系列举措中，有一个人起了至关重要的作用，就是陈永华。
陈永华祖籍漳州龙溪县石美村北门后山，生于1634年，比郑成功小10岁，郑成功很赏识他，给予很高评价，称其是“当世孔明”，并授予咨议参军，令其辅佐郑经，让郑经以老师之礼待他。显然，陈永华很珍惜这份信任，鞍前马后，他一直竭力为郑经出谋划策。郑经也非常倚重他，主政后，将陈永华晋升为统领勇卫，并加监军御史之职，让其掌管大政，日后两人还缔结了儿女亲家——郑经的长子郑克臧娶了陈永华的小女儿为妻。
“深耕种，通鱼盐，安抚土番，贸易外国”，这个设想其实是郑成功在世时就有过的，然后陈永华又接着往下做。1665年，当海峡战事还未一波波涌起时，陈永华就开始考察台湾南北各社，将开垦情况大致弄清，回来后建议郑经颁布屯田制度，进行屯田垦殖。之前郑军粮草供给主要仍依靠大陆沿海，如今除了迁界海禁外，更有清军大兵压境，曾经的补给之路已经基本断绝。官兵上下不能忍饥出战，而脚下土地那么多，又那么肥沃，却白白空置那里。应该把官兵派出去垦荒，应该让土地齐刷刷长出丰茂的庄稼来。
