热兰遮城共3层，最底层在地下3米多的深处，周长600多米长的城墙上，是用糖水调石灰制成的砖砌成的，那砖竟比石头更坚更硬。而墙头上则设置了30门大炮。与赤嵌城相比，无论规模、武器、人员，还是粮草的储备，这里都更充裕厚实，于是就需要更充心的耐心和韧性来与之周旋。
这个城，郑成功围了近9个月。
并不是枯守死等，郑成功一边接连给城中的荷兰驻台湾总督揆一写信，告诉对方只要乖乖离去，既保存了性命，还可以带走私人财宝，一边下令南北各路人马开始屯垦拓荒，按镇分地，按地开荒。尽管5月底，他的部下黄安等人带着一些粮草从金门抵达台湾，而这一次，同时也带来了6000将士。加上先前到来的25000人，3万多张嘴的吃饭问题已经迫在眉睫了。（揆一小注）
当时一个叫菲力普?梅的荷兰东印度公司土地测量师留下一本日记，叫《梅氏日记》。郑成功夺下赤嵌城后，菲力普?梅被俘，他在战俘营里目睹了郑氏军队屯田垦地的情形：每个将官手下有1000~1200人，在山脚和每个能开垦成水田的土地上，每一两百人为一群，很认真地耕种土地。他们种很多番薯，多到足以食用3个月。每个角落都用来耕种，甚至道路也不例外……
食不裹腹当时确实成为郑家军最大的困扰，但热兰遮城内的荷兰人境况却更为不堪。
郑成功给揆一写信，他非常有耐心，信不是写一封，而是接二连三地写，都是动员揆一认清形势赶快投降。其实早在1661年4月27日，当郑军大队人马还在澎湖候风时，郑成功就已经给揆一写过信，告诉对方台澎两岛所居住的都是中国百姓，那是中国的土地。（郑成功给揆一的招降书）
饱读诗书出身的郑成功，仍旧认为文字是有力量的，是可以征服人的。
但揆一并不以为然。他其实是瑞典籍的，出生于斯德哥尔摩，受雇为荷兰卖命，他不相信荷兰会轻易放弃在台湾的利益。而不放弃台湾，就意味着不放弃他，所以他抱有幻想，以为增兵迟早要来，于是对郑成功的拒绝也是接二连三。
援军确实来过。
46岁的揆一那时其实已经被巴达维亚东印度公司撤职，1661年6月东印度公司派检察长克伦克率两艘战舰驰往台湾接替揆一的职务，不料船近台湾时，才发现洋面上已经布满郑军战船。克伦克逃回巴达维亚，将台湾的情况报告公司。几天后公司拼凑了700多名援军分乘10艘战舰驰往台湾。他们7月5日出发，却是在一个多月后的8月12日才抵达台湾海面。但双方并没有马上交火。那些日子海上风狂浪大，荷军不敢贸然前行，所有船只都停泊到港外，远远观望。直到9月8日，风浪平息了，枪炮才突起。
荷军开始出击了，但他们并没有如愿。
虽然武器落后，但凭借着人多势众，郑军以火攻、以埋伏、以密集的炮弹攻击荷舰，总能以巧制胜。这场交火时间拖得有点长，一直到年底，来增援的荷军已经仅剩下2艘战舰了。见大势已去，他们悻悻地掉转船头驰回巴达维亚。
困守在热兰遮城里的揆一，眼睁睁地看着飘着自己所供职的那个国度旗帜的船只渐渐远去，内心充满恼怒、失望、无奈。
郑成功也看到了。他知道属于自己的机会来了。
接下去的日子，一场又一场猛烈炮火从郑家军这方接连向热兰遮城发射。这是来硬的，软的也有，将翻译李仲派往热兰遮城，再次把自己的意思告诉揆一：“然台湾者，中国之土地也，久为贵国所踞。今余既来索，则地当归我，珍瑶不急之物悉听而归……”他要重申的是，台湾不是荷兰国土，而是先前郑芝龙练兵的场所，所以，他渡海而来，予以收回。
