顺治十八年（1661年）三月二十三日，在仍未回暖的寒风中，金门岛料罗湾战船密布，旌旗猎猎，400艘船舰和25000名将士，在郑成功的亲率之下，向着海峡对岸出发了。这是一场志在必得的战役，说到底郑成功与他的军队此时也没有再输一场的资本了。
作为向导，何斌也一同东去。
次日凌晨，郑氏大军抵达澎湖，四月初一浩浩荡荡的郑家舟师又在薄雾之中驶进鹿耳门，从赤嵌楼以北的禾寮港登上了台湾岛。
这一天是1661年4月30日。这个日子后来被历史记住了。
从鹿耳门外海进港其实有两条路：南航道口宽水深，但有荷兰军舰停泊那里，岸上又有重炮捍御航道；另一条航道就是鹿耳门了。
有一张1626年西班牙人绘制的台南港口古地图，勾画出了当年鹿耳门地势之险要——狭窄、细长，而港道下的暗礁更是幽深莫测。郁永河在《裨海记游》中也曾这样写道：“鹿耳门内浩瀚之势，不异大海，其下实皆浅沙。若深水可行舟处，不过一线，而又左右盘曲，非素熟水道者不敢轻入，所以称险。”正是由于鹿耳门航道水浅礁险，水路却长达数十里，之前荷方又以破船将水道堵塞，只有涨潮之时，才能容船通过，所以，荷方掉以轻心了，认为郑氏军舰根本不可能从那里通过，便只在南航道上备有大炮。
熟读兵书的郑成功决定铤而走险，避开南航道，从北航道长驱直入。行动前，他特地焚香祈祷：“成功受先帝眷顾，敢不竭力，无如寸土未得，依然孤岛危居。今天冒波涛前来收复台湾，苍天如保佑我，富假我潮水，助我行舟。”
4月29日黎明时分， 热兰遮城上的荷兰哨兵发现海面上突然冒出一片船舰，慌乱之下连忙向揆一禀报。揆一登城后，持望远镜察看一番，竟然笑了。这时候他还是自信的，认为自己有枪有炮，并且部队训练有素，再多的“唐船”又如何？它们照样落得葬身此处的下场。
郑成功率部果然向南航道驶来，并且喊声震天，炮火不断，做出将要冲过南航道的架势。而北航道上却毫无动静。用孙子兵法作解，这叫声东击西。荷兰人果然上当，将注意力全部集中在南航道上。不料午后海水突然大涨，而那些摆出架势大有向南面进攻的郑家船舰，却突然掉转航向，向北而去。
有何斌所绘的地图引路，在薄雾四起中，这些船只顺利从鹿耳门陆续驶入了。
郑成功以手加额，兴奋地慨叹一句：“此是天哀怜孤家！”
当时荷兰驻守在赤嵌城中的军人约400人，而驻守在热兰遮城内的也只有1100人左右，兵力虽不多，但武装先进，城堡坚固。在登陆后不到两小时，郑成功军队就占据了有利地形，并扎营修工事，将互为犄角的赤嵌楼与热兰遮城分隔开来。他又用上了自己最喜欢的老战术——以静制动——先将赤嵌城团团围住，切断水源，隔绝供给。（郑成功收复台湾宣传画）
零星的交火持续进行，荷军数次组织进攻，最后都无功而返。
7天之后，赤嵌城里的荷兰人撑不下去了，放弃城，乘船离去，离去时他们从郑成功那里得到了80袋米、10只活猪、10只绵羊与山羊等物品。这是怀柔政策，郑成功让赤嵌城里的荷兰人动员热兰遮城里的荷军也放下武器。
然后，郑成功部队从东、北、南三个方向，对热兰遮城形成合围。
