“文化大革命”初期派工作组到一些单位领导运动，是毛泽东在《炮打司令部——我的一张大字报》中指责刘少奇的主要内容，认为这是镇压群众，破坏“文化大革命”。工作组事件成为刘少奇下台的直接导火线。
由于当时中央的日常工作会议一般不作记录，因而关于派工作组的决策情况没有留下具体记载。根据现在能够查到的材料，说明派出工作组的大致经过如下：
1966年5月29日，中共中央政治局主持日常工作的三位常委刘少奇、周恩来、邓小平及有关领导同志开碰头会研究，决定由“中央文革小组”组长陈伯达率工作组去人民日报社，由中共河北省委书记处书记张承先率工作组去北京大学。据参加这次会议的刘志坚（当时任总政治部副主任）回忆，在几个中央领导同志商定之后，周恩来还当场到隔壁房间用电话向正在杭州的毛泽东请示，获得同意。
5月30日，刘少奇、周恩来、邓小平联名致信毛泽东，书面请示派工作组去人民日报社一事：“拟组织临时工作组，在陈伯达同志直接领导下，到报馆掌握报纸每天的版面，同时指导新华社和广播电台的对外新闻。”这封请示信是刘少奇起草的。毛泽东在请示信上批示：“同意这样做。”陈伯达等于当日进驻人民日报社。
6月1日，以张承先为组长的工作组，于晚10点多钟进驻北京大学，并明确宣布工作组代行党委职权。这一消息于6月3日由新华社向全国广播。电讯稿是周恩来起草的。工作组原来是以华北局名义派的，电讯稿中改称“中共新改组的北京市委决定”。毛泽东看了这条新华社电讯稿并表示同意。
6月3日，刘少奇主持中央政治局常委扩大会，汇报和讨论北京地区“文化大革命”情况。北京新市委第一书记李雪峰提出运动中要注意“内外有别”等八条意见，并提议：“有的学校领导瘫痪了，领导不起来，就派工作组进去领导。团中央、组织部组织人力帮助。”会议同意了李雪峰的意见。6月3日、4日，北京新市委开始向一些学校派出工作组。
自从北京大学进驻工作组的消息在报上公布后，北京许多学校的师生成群结队涌到中共中央、国务院、北京市委所在地，要求派工作组。各学校的领导这时事实上已陷于瘫痪，无法行使领导职能。由于无政府状态急剧蔓延，混乱局面日趋严重，从6月5日起，北京市委加快了派工作组的步伐。
6月6日，中共中央书记处开会，决定向中央宣传部派出工作组。
从6月5日至6月中旬，北京地区的绝大多数大专院校和部分中学先后进驻了工作组。工作组一般以北京新市委的名义派出。大学工作组的成员从中共中央、国务院有关部委抽调，中学工作组的成员由团中央抽调。全国大部分省市和一些中共中央直属机关、中央国家机关部委，也纷纷仿效北京地区的做法，陆续向本地区、本系统的一些“问题”比较多的单位派出了工作组。在此期间，鉴于文艺战线“问题严重”，新上任的文化部副部长肖望东（原南京军区第二政委），主持向国务院文化系统派出了许多由军队干部组成的工作组。其中从总政治部抽调300多位军队干部参加工作组，是经林彪同意的。
这期间毛泽东虽然仍在外地，但中央经常向他汇报工作，并不断有各种材料报送给他，派工作组的情况他是知道的。在北京的“中央文革小组”更是对派出工作组的情况一清二楚。当时，谁都没有指出派工作组有什么不对。
研究有关派工作组的文献资料，可以肯定以下几点：
（1）“文化大革命”中最早派出的两个工作组，即驻人民日报社、北京大学工作组，是刘少奇、周恩来、邓小平三位政治局常委和有关领导同志研究决定，并报毛泽东同意的。
（2）向北京地区的大中学校派工作组，是北京新市委提议，经刘少奇主持的中央政治局常委扩大会同意的。
（3）刘少奇没有在他主持的会议上作出过在全国普遍派工作组的决定，也没有就这个问题下达过文件。全国其他地方派工作组，是学习北京地区做法的结果。
工作组进校后，受到了大多数师生员工的欢迎，但也遭到少数造反派的反对。由于“文化大革命”本身的不合理性和中央领导层对待运动的认识不一致，注定了工作组必然要犯错误。加上江青、康生、陈伯达一伙居心叵测，从中捣鬼，导致群众在工作组问题上分成了两派。一些学校发生赶工作组现象，使本已混乱的局面呈现更加错综复杂之势。
刘少奇、周恩来、邓小平等于6月9日去杭州向毛泽东汇报运动情况，并在毛泽东主持下讨论了“文化大革命”问题。讨论中没有专门议论派不派工作组的问题，更没有形成明确的意见。只是毛泽东在议论时说：“派工作组太快了并不好，没有准备。不如让它乱一下，混战一场，情况清楚了再派。”但这时工作组基本上已经派出。
毛泽东这样讲了之后，刘少奇是努力紧跟的。6月14日，刘少奇在北京主持中央政治局常委扩大会讨论运动情况。他在会上讲到：“（中学）工作组是团中央去的，有的是好的，能与学生三同，同吃同住同工作。不好的应该撤回。”他甚至说：“工作组派下去被人赶回，证明它不行么！乱就好么！”
