刘少奇对他认为比较好的工作组，也就是能够有效地对运动实施领导的工作组，是坚决支持的。在他看来，这么大的群众运动没有党的领导是不可想象的，既然那些学校的领导瘫痪了，那就只有派工作组去接替，以维持正常的秩序。
6月18日，北京大学发生一起乱打乱斗事件。上午9时至11时，北京大学几个系的一些学生，将40多位干部、教师拉出来批斗，并采取了脸上抹黑、戴高帽子、罚跪等行动。工作组发觉后迅速予以制止，扭转了局势。刘少奇对驻北大工作组的做法表示满意。6月20日，他将驻北大工作组关于反映这次事件处理情况的《北京大学文化革命简报（第九号）》转发全国。刘少奇在为中共中央起草的批语中说：“中央认为北大工作组处理乱斗现象的办法，是正确的，及时的。各单位如果发生这种现象，都可参照北大的办法处理。”
为便于及时了解情况，掌握局面，6月19日刘少奇要夫人王光美去清华大学，作为驻清华大学工作组的顾问，帮助指导运动。6月20日和7月11日，他两次召集驻北京师范大学附中的工作组汇报座谈，同他们一起分析运动中出现的各种情况，解决问题。
6月21日，刘少奇在他主持的政治局常委扩大会上提出：“这一场斗争咱们都没有经验，工作组也没有经验。”“有的学校赶工作组，向工作组夺权，要夺档案、枪支、广播这些权。不准随便提出夺权。”“夺权斗争，有的是坏人要我们撤走工作组。不好的工作组也可以撤走，但是不要党的领导、中断党的领导是不好的。”
6月30日，刘少奇、邓小平致信毛泽东，要求发出《关于工业交通企业和基本建设单位如何开展文化大革命运动的通知》。《通知》强调这些单位的运动要由工作队领导：正在进行“四清”的单位，要在工作队领导下，把文化大革命插进去进行；还没有进行“四清”的单位，由上级派出工作队领导进行；已经结束“四清”而又没有达到标准，要重新派工作队去，从文化大革命入手，把“四清”和文化大革命搞彻底。这一通知于7月2日经毛泽东批准后下发。
大约在6月20日以后，刘少奇、邓小平等中央领导同志同“中央文革小组”之间在工作组问题上的分歧明显加剧，社会上赶工作组的现象也增多了。
6月20日，“中央文革小组”向中央提出了一个书面建议，其中说：“建议全国大中学校、机关单位在适当时候成立文化革命小组，领导文化革命运动。”“在最必要的地方，最必要的时候，可以由上级派工作组。”这一建议曲折间接地表达了他们取消工作组的意见。
7月13日、19日、22日，陈伯达在参加政治局常委召集的汇报会上，三次对工作组的问题提出非议。但据现在发现的资料，陈伯达在发表意见时，态度不大鲜明。例如他在7月19日的会上只是说：“工作组不会比学生高明，工作组都自称是党中央、毛主席派去的，有的整学生。”
在这几次会上，刘少奇、邓小平也对工作组有所批评，但不同意马上就撤出工作组。在7月13日的会上，刘少奇说：“现在的工作队要进行教育，他们不懂政策，不学政策。不好的工作队要进行整顿清理。”邓小平说：“要先把学生组织起来，清理当权派，然后再撤销工作组、工作队。”在7月19日的会上，刘少奇说：“工作组有好的，有坏的，他们在第一线，有他的辛苦，要求不能过高。现在是如何帮助他们，教育他们，总结工作经验。”邓小平说：“有的机关和学校，不派工作组可以，有的要夺权的，就要派工作组。工作组主要是起行政和党委的领导作用，因此是否统盘考虑，对工作组要正确估计。我们对这样的运动没有经验，他们也没有经验。坏的工作组可以先撤，好的工作组可以留，代替党委工作。”在7月22日的会上，刘少奇说：“工作组领导不好，但是多数工作组是好的，还是教育帮助，改正错误。赶工作组，有的不应该赶。”邓小平说：“要教会工作队做工作。……有的学校没有工作队恐怕不行。”
参加这几次会议的大多数同志都不同意撤工作组，陈伯达的意见被否决。后来江青在中共八届十一中全会的一次小组发言中讲到：“22号晚上，胡克实同志汇报说已经走上正规了。这次汇报会雪峰同志参加了，我们的组长、顾问没有发言权，讲一句话就被打断。这次汇报会共用了五个多小时，薄一波、陶鲁笳却讲了三个多小时。”江青所说的：“我们的组长、顾问”即指陈伯达、康生。她的说法从反面印证了当时中央大多数领导同志对“中央文革小组”意见的批评和抵制。
对陈伯达关于工作组的意见被否决的情况，刘少奇8月1日在中共八届十一中全会上从自我批评的角度，作了这样的解释：“陈伯达同志早就提了不派工作组或者撤出工作组，提了三次。……第一次提出来没有多讨论。第二次陈伯达书面提出两条，讨论时多数同志还是要工作组，我也发言要工作组，认为工作组有方便之处，要去就去，要撤就撤。当时我曾考虑，这样大的运动，北京各院校部分组织已经瘫痪了，怕中断了党的领导不好。第三次，伯达同志又提出这个问题，又讨论了一次，多数同志还是不主张撤。我仍是以前的观点，我认为这一方法较机动，没有下决心撤，要看一看。同时，主席快回来了，回来再请示决定。主席回来的第二天，又开了个会，感到是个问题。”
