稍有违抗，即视为抗税行为，即被扭送官府治罪，轻则罚付银两，或没收其经营货物，甚至遭到严刑拷打，性命难保。崇祯即位后，先是关税每两增加一钱，三年（1630年）再增加为二钱，八年（1635年），加征房捐（间架税），九年（1636年），又增商税税额，十三年（1640年），加征关税20万两，商民不堪重负，怨声载道。由于军需需要，取办于所经历地方，名曰借办，官府对城镇商民进行逼取，致使“城市空虚，了遗尽绝”。
税收名目繁多，正项之外有加派，加派中又有中央加派、地方加派，还有私派，究竟有多少名目，很难细说清楚。非但因地而异，又因人而异，税出多门，没完没了。有材料记载，此时山东禹城各种征收项目多达26种。户部征收的有夏税、秋粮、马草、盐钞、民兵、九厘宗禄、花绒、铺垫。礼部征收的有光禄寺细粟米。兵部征收的有京班、皂隶、柴薪、滴珠以及太仆寺马价、种马、草料。工部征收的有收料价、砖料、木柴、苎麻、胖衣、柴夫各色银两。除此之外，还有狐狸皮、角弓、水胶、苍术等。禹城如此，其他地方也就可想而知了。
天灾流行对挣扎在死亡线上的贫苦农民而言无疑是火上浇油。有研究成果表明，在明代的中后期，东亚大陆适逢称为“小冰河”的自然灾变周期，从中国到朝鲜普遍受灾，不仅灾荒次数频繁，范围广，而且持续时间长。《明史·五行志》对崇祯年间的灾荒有概括的记述：
崇祯元年，陕西饥，延、巩民相聚为盗。二年，山西、陕西饥。五年，淮、扬诸府饥，流殍载道。六年，陕西、山西大饥。淮、扬洊饥，有夫妻雉经于树及投河者。盐城教官王明佐至自缢于官署。七年，京师饥，御史龚廷献绘《饥民图》以进。太原大饥，人相食。九年，南阳大饥，有母烹其女者。江西亦饥。十年，浙江大饥，父子、兄弟、夫妻相食。十二年，两畿、山东、山西、陕西、江西饥。河南大饥，人相食，卢氏、嵩、伊阳三县尤甚。十三年，京畿、山东、河南、陕西、山西、浙江、三吴皆饥。
