且乐其逃，而利其饷。武弁扣克既熟，则凡可以营谋转升，皆是物也。精神不用于约束，而用以扣饷；厚饷不用以养兵，而用以营升。伍虚则无人，又安言练？饷糜则愈缺，而安望其裕？而此两穷之道也。”因而，士兵缺饷成为严重而又普遍的问题。有的缺饷几个月、十几个月甚至更长的时间，领不到军饷。在明末灾荒连年、粮价暴涨的情况下，士兵无饷供给，无法继续生存，宣大总督卢象升在巡视山西边防时说：“每点一兵，有单衣者，有少鞋袜者，有无裤者。臣见之不觉潸然泪下。” 为了保全身家性命，从典衣卖箭到鬻子卖孙，从沿街乞食讨饭至离开军营潜逃，从发牢骚倾泻不满到铤而走险，举行兵变，砍死砍伤上司，烧毁官府的衙署和房舍之事，接连不断。崇祯元年（1628年）七月，辽东宁远兵缺饷哗变，捉拿巡抚辽东毕自肃和宁远总兵朱梅，棰击交下，毕自肃自杀身亡。二年（1629年）三月，蓟州（今河北蓟县）军卒哗变，围攻巡抚王应豸。三年（1630年）正月，甘肃勤王兵在安定举行兵变，杀死参将孙怀忠。四年（1631年）十一月，援辽兵在吴桥以缺饷哗变。七年（1634年），西宁军卒哗变，兵备孔闻都自杀。八年（1635年），樊城军卒哗变，放火烧死了总兵邓汜。九年（1636年），宁夏兵哗变，杀死巡抚王揖。十四年（1641年）正月，总兵王绍禹部在洛阳哗变，迎农民军入城。十五年（1642年）十一月，安庆军卒哗变，杀死都指挥徐良宽。十七年（1644年）正月，昌平兵变，焚劫官府。兵变从边防到内地，再到京畿，表明军队与政府之间的矛盾也在激化，军心思变，军队已乱。
入不敷出的财政危机，也因战争规模持续扩大，军费空前急剧增长而无法补救。有统计材料揭示，明代兵饷，正统年间仅有数万，万历时增为300万，崇祯初年已达2000余万。据崇祯二年（1629年）边镇钱粮数目所载，延绥镇原额饷银10万两，今现支又增至433700余两；宁夏镇原额饷银4万两，今现支又增至133700余两；甘肃镇原额饷银6万两，今现支又增至197500余两；固原镇原额饷银48870万两，今现支又增至145823余两。
