袁世凯败亡，破坏立宪共和的最大障碍消除了，中国政治上的各种力量应该团结起来，为尽快制定和通过宪法、建立共和政体而努力。1916年8月后，北京政府面临的主要问题是制定宪法和对德宣战问题。因为这些问题又与段琪瑞、黎元洪的矛盾、国民党与皖系军阀矛盾、研究系与国民党的矛盾交织在一起，从而形成了错综复杂的局面。掌握北京政府实权的段祺瑞与大总统黎元洪为争夺权利，围绕“参战”问题展开角逐。
在刚刚恢复的国会中，当时两个最大的政党是孙中山领导的国民党和梁启超领导的研究系（进步党演化而成）。由于国民党与进步党在民国初年政见不同，政治立场和态度也有差异，从而两党相互攻击，存在着不少矛盾。张东荪认为，袁世凯败亡后，是制定和通过宪法的绝好机会，也是使中国尽快走上民主轨道的大好时机，所以，他极力主张孙中山领导的国民党与梁启超为首的研究系顾全大局，消除争端，进行合作，为在中国建立立宪共和的民主政体而共同努力。对此，他在晚年作诗说：“我谓机莫失，政野宜重分。孙梁应携手，舆论可一新。彻底商国事，列为若干门。首要为选举，迄来皆非真。倘能易其辙，民治始立根。勿急入枢要，理力俱在群。蓝君（蓝公武）韪此议，游说共朝昏。”
然而，张东荪的主张并不被两党要员重视。在国会中，国民党与研究系议员在制定和通过宪法讨论时又进行无谓的争论，延误了许多良机。随着国会卷入“府院之争”，国会再次被解散，并带来了张勋复辟，致使宪法制定功亏一篑。张东荪痛心疾首，引为毕生可叹之事。他说：“倒袁的时候，我以为这个化除政争的好机会。因为到了那时，无论急进缓进，无论集权分权，无论总统制内阁制，而共同的敌人只是帝制。既有共同的敌人便须有联合的战线。联合战线一经组成，则党争便可化除。久而久之，养成一种联合的习惯或同盟的习惯。不料倒袁以后，各方面所得的教训却正是一个反面。他们不但不认与人合作为必要，却反而以为以前的排斥人家没有彻底。于是大家都想来一个彻底的排斥。”
张勋复辟失败后，段祺瑞掌握北京政府实权，决定对德宣战，编练“参战军”。但段为首的皖系军阀只是借此扩大自己的军事势力，对外只是“宣而不战”，并未派兵赴欧参战。对此，张东荪进行了批评。他坚决主张应该派兵赴欧参战，一方面可以提高中国的国际地位，增强中国军队的战斗力，另一方面可以将北洋军阀的武装力量移向国外，避免内战。对此，他后来追忆说：“我曾持异议，力主是兵援。长函致宗兄（张国淦），力陈诸要端。诚以拥兵者，专为自相残。何以绝固势，驱之国际前。战术与战略，观摩得其全。器械与士气，旧习不再沿。归来成劲旅，非复私人专。军队无分裂，立国乃可言。”张东荪的这个主张并没有为北京政府采纳。
袁世凯帝制败亡后的政局，对张东荪刺激很大。他痛感北京政府政治的腐败和行政上的无能。此时，张东荪虽对政治也产生了厌倦情绪，并开始逐渐将注意力转向文化运动方面，但还是力图对腐败无能的政治加以补救。这样，张东荪经过认真的思考，公开怀疑与批评议会制度，提出了“贤人政治”的主张。
“贤人政治”的思想，张东荪早在民国初年便已经产生，但当时并没有公之于众。“吾人蓄此思想于心者有年”，但直到1916年初，他才在《国本》一文中正式提出。
张东荪认为，中国纯粹采取民主政治，是行不通的，因为人民的智力和道德不能有实质性增加，“吾民无立宪之道德”，在这种情况下，将国家托命于“此辈无立宪道德之庸众之手，则政治前途必不能有进步。”但如果纯粹实行议会政治，也是不行的，因为人民的知识和道德程度仍然不够。议会政治所需要三要素，如选举人互相信任、有冷静头脑、有理性判断等，中国一般民众并不具备。那么，适合中国国情的政治便是“贤人政治”，“吾中华民国之国本当在贤人政治。”
