（一）质疑《国会组织法》，讨论国会性质问题
1912年4月，《临时约法》颁布，规定《国会组织法》，由参议院制定。张东荪便对此表示怀疑，“以为法治国不当无造法与立法之区别。”至《国会组织法》颁布后，他更加疑惑。1913年2月，他发表《国会性质之疑问》，对国会性质作了考察，提出了自己的意见。接着，又发表《国会选举法之商榷》，对当时国民党人在国会性质问题上的见解提出了批评。
张东荪首先对国会为“统治主体说”和国会为“人民代表说”进行了批评，认为国会既非“统治主体”，又非“人民代表”，“不过国家之一机关耳。”国会性质与国会的权限有很大关系，所以，张东荪接着重点讨论了国会权限问题。他认为，国会的权限，“自当以立法为限，一切为副。”具体而言，包括三方面：一是固有权限，即受理吁请事件、立法事件、建立事件、建议事件、议定预算事件和外交咨询事件；二是附属权限，即监督行政事件（如质问弹劾等）和选举事务（如选举总统等）；三是特别权限，即司法事项（如受人民控诉）和造法事项（如造宪法及修正等）。
国会为一造法机关，还是立法机关？张东荪认为，造法机关的性质与立法机关性质是不同的：造法为统治权主体之直接行动，为权力者自规定其意思之活动，为国家根本上最初之意思表示，为组织国家之行为，为造国家根本法，为原始的自动的独立的最高之作用；而立法为统治权主体之间接行动，为权利者行使其所赢得之权利之活动，为三权分立之一作用，为依于国家之组织而发生之一机关，为依根本法而立他项法律，为二次的赋予的并立的分权机关之作用。所以，张东荪认为国会仅是立法机关，造法“不当附属于国会权限之内”。但《临时约法》及《国会组织法》中却规定国会有制定宪法的权限，他认为这是“荒谬”的。
张东荪认为，参议院与国会都是临时性的立法机关，其所通过的法律如《国会组织法》，属于“一种过渡法”。他批评说，设立二院制，是“天下费解之事，”使国会制宪，“有分心之劳役”。“以临时立法机关之国会，同时制定宪法，其制定宪法之时，必不能兼理他事。是虽设犹无也。”这无疑是一种“草率”行为。他的结论是“由此观之，是国会之职务，仅在制定宪法。果仅在宪法，吾人更复何疑？惜乎造是法者，以临时立法及监督事业畀之，使之等于现在之参议院也。于此则为疑问之丛矣。”这与进步党人的立场和观点相似。
（二）讨论制宪问题，提出“行政裁判”论
1913年4月8日，国会成立，其最基本的使命就是制定宪法。对于宪法的性质与宪法的具体内容，当时人们曾进行了激烈讨论。当时争论主要围绕着宪法性质、总统连任与其职权、行政裁判与普通裁判以及《中华民国宪法草案》等问题展开。张东荪曾撰写有撰有《论宪法的性质及其形式》、《余之民权观》、《论统治权总揽之有无》、《内阁制之精神》、《行政裁判论》等文章，重点对总统权限和地位、行政裁判等问题提出了自己的看法。
关于总统权限与任期问题，是当时争论的重点之一。张东荪坚持内阁制，反对总统制。他比较了内阁制与总统制下“总统之地位”的区别，认为内阁制下的总统，不是行政首长，行政首长为内阁总理，对于行政负完全责任，而总统则不负责。总统的权限“限于宪法的补充行为”，即不属于行政、立法、司法三者之内的权限，例如召集国会，宣布选举，及总统之就职等等。既然内阁制的总统，其作用在宪法的补充行为，则总统之权，便在于协调行政、立法、司法三者关系，“正在救济与连络之暂时作用一点而已，且同时使其不致专制，而又复收救济之效。”这与总统制下的总统是根本不同的。张东荪坚决主张实行内阁制，反对赋予总统实权，主张将行政权从总统转移至内阁，而“欲行政权转移至内阁，则不可不借力于理发部。”更不主张授予总统制下总统的权限。
行政裁判制度采用与否，是宪法上的重要问题。早在清末，章士钊曾在北京《帝国日报》及上海《民立报》上发表文章，加以论述，认为行政裁判，背乎法律平等之义，无采用的必要。张东荪对于章氏之论表示反对，“余视章氏之说出世之初，即思以此一得之愚，与章氏商榷，且以乞教于海内明哲。徒以他种问题缠不去心，因迟迟至今。”张东荪于1913年7月发表《论普通裁判制度与行政裁判制度》，该文主要介绍了西方大陆法系与欧美法系的区别，主张采取大陆法系的行政裁判制度。他后来回忆写作此文内容时说：“初以各国行政诉讼之状况介绍于国人，初无独立主张也。”不久，他通过对此问题的研究，“稍有所得”，便又发表了《行政权消灭和行政权转移》和《行政裁判论》两文，“以为行政法不可废而平政院（即行政裁判所）不宜设。”他自认为《行政裁判论》一文颇有新意，“为海内谈法律之士所未曾言者也”。1914年6月，他又在《中华杂志》上发表《行政法与平政院之讨论》，进一步阐述了这个主张。
张东荪在《论普通裁判制度与行政裁判制度》中，在介绍了西方法兰西、英吉利、奥地利和比利时四派行政裁判制度的历史后，阐述了行政裁判的性质，认为“自实质上观之，行政裁判者，关于行政事件之裁判也；裁判者，以法之宣告（Rechtssprechung）为目的，维持法规对于实在之事件宣告法规之适用者也。”“行政裁判为行政法规适用之宣言矣”。行政裁判的功用，在于对不法行政之救济，在于保护权利，在于对国家或自治体之不法行政申请取消或变更之判定，在于对于国家或自治体之行政作用之履行提出要求之决定，在于对私人公权存在与否请求确认之决定，在于对两当事者、互相间为公法上争执时，请求确认其权利之决定，在于对行政官厅成自治体互相为权限争执之时，请求确认之决定。
行政裁判，属于行政范围，还是属于司法范围？他认为，“以奥日之例言，其行政裁判所不属于司法，复不属于行政，乃为一独立机关。故吾以为此制之最良者也。”所以，中国应该师法奥日，采用独立之制。
