题目是《论哲学门隶属文科之流弊》，认为：“哲学不应隶属文科，而应隶属于理科，其根据是哲学与自然科学联系更为密切。”他论述说：“中国人之研治哲学者，恒以历史为材料。西洋人则恒以自然科学为材料。考之哲学历史，凡自然科学作一大进步时，即哲学发一异彩之日。以历史为哲学之根据，其用甚局，以自然科学为哲学之根据，其用至博。美国研治科学，得博士位者，号‘哲学博士’。英国牛津诸大学，研治哲学得博士位者，号‘科学博士’。于是可知哲学与科学之关系长，而与文学之关系薄也。”［1］蔡元培接到傅斯年的上书，认真进行了考虑，专门加以按语，发表于《北京大学日刊》，蔡元培在按语中说：“案傅君以哲学门隶属文科为不当，诚然。”但蔡元培自己认为哲学隶属理科也不合适，其结论是“似皆不如破除文理两科之界限，而合组为大学本科之为适当也。”从此以后，傅斯年就与蔡元培建立了密切联系，经常受到蔡元培的关怀和帮助。在这期间，蔡元培曾亲自题写条幅给傅斯年，内容是：“山平水远苍茫外，地辟天开指顾中”［2］，意境深远，希望殷切，勉励之情，尽在其中。
蔡元培是伟大的教育家，也是著名的政治家。傅斯年自从在北京大学与蔡元培结成师生关系，“受师训备僚属有二十五年之久”，深受蔡元培的培养和奖掖，对蔡元培推崇备至，其献身学术、积极参与社会和政治，都与蔡元培的影响有很深的渊源关系。
在北京大学期间，影响傅斯年从传统国学向新文化阵营转向的直接导师是胡适。傅斯年与胡适一生的关系在师友之间，但傅斯年对胡适终生执弟子礼。胡适生于1891年，长傅斯年5岁，早年也接受了严格的传统教育，1910年赴美留学，先入康乃尔大学，后入哥伦比亚大学，主要学习哲学，深受杜威实验主义哲学影响。其博士论文是《中国古代哲学方法之进化史》，可以说是用西方社会科学研究方法研究中国古典哲学最早的学者之一。1917年回国，任教于北京大学，教授中国哲学史，在讲授方法和内容上颇为特别。传统的讲授方法是从三皇五帝讲起，胡适打破了这一传统，抛开唐虞夏商，直接从周宣王讲起，其思想观点也颇有新意。他的讲授方法颇使哲学系的学生震动，对这种讲授方法评价不一。有的学生认为胡适讲授中国哲学史远不如当时的国学大师陈汉章，想把他赶走，有的学生认为胡适读的书虽不如陈汉章多，但在史料的裁断上却可自立。与傅斯年同一宿舍的顾颉刚素来佩服傅斯年的见识与学问，极力鼓动
［1］ 蔡元培：《对傅斯年来函的按语》，高平叔主编：《蔡元培全集》第3卷，中华书局1989年版，第194页。
［2］ 王汎森、杜正胜编：《傅斯年文物资料选辑》，（台）傅斯年先生百龄纪念筹备会印行，第31页。
