由于从氏族公社中才独立出来的人民的反抗与斗争，这种过渡终于不可避免了。例如，公元555年吉备的白猪（今之地名不详）曾设过屯仓。由于田部的赋税被免征者很多，公元569年，朝廷派来名为胆津的外来移民，调查了田部，编制了户口，并任命胆津为田令即农场长官。田部赋役被免征者很多，其含义就是指这些人的自主性加强了，以虚拟的氏族制再也管不住他们了。由于这一新的人民的动向，导致了一种苗头，即朝廷不再用原有的，将人民作为一个整体由伴造统治的方式，而采取了将人民作为一个个的个体进行直接掌控的新的统治方式的萌芽。这并不单纯是改变屯仓经营方式，照此发展下去，按氏族原则形成的社会关系与统治方式的整个旧体系都将会受到影响。苏我氏对此采取了积极的方针，相反物部氏则代表了保守派。
6世纪中期，苏我稻目与物部尾舆之间围绕着朝廷是否应承认佛教和信仰佛教问题，爆发了两派之间的矛盾。接受佛教，意味着接受了超越了氏姓制度诸神的神。接受了佛教虽并不立即否定固有的神，但奉旧信仰和旧意识为至高无上的物部尾舆们却激烈反对。他们列举当时流行的瘟疫和饥荒等社会极度动荡的形势，认为，就因为顶礼膜拜蛮神（即外国的神）才引起了这样的灾难。而苏我氏则认为信奉新神，以其威力就可消除社会动荡。总之，这是以宗教问题为契机的统治人民的新旧方式之争。
苏我氏成了最后的、完全的胜利者。公元585年，苏我稻目的外孙继承了皇位（用明天皇），并倡导大兴佛教。用明天皇死后，围绕着皇位问题苏我马子与物部守屋发生矛盾，最后又发展为战争。苏我马子与用明天皇之子厩户皇子（后来的圣德太子）一起消灭了物部守屋及其一族，拥立苏我马子自己的外甥为天皇即崇峻天皇。
宫廷里再也没有人敢反抗苏我马子了。崇峻天皇憎恶苏我马子的跋扈，苏我马子恼怒，竟指使手下官员杀了崇峻天皇。随后又拥立本族的皇女为天皇（即推古天皇），并由圣德太子（公元574—622年）充任摄政（公元593年）。从此苏我马子与圣德太子就实施了独裁政治。
圣德太子与苏我马子的执政
苏我马子和圣德太子执政达30年。在这期间他们在东国等地大加扩展朝廷的屯田，同时也没有忘记增加自家的田庄。在经营方式上，上述白猪屯田用过的方式，很可能又得到进一步的发展。与此同时，近畿的国造们也开始具备了地方行政官的性质。另外，在朝廷的组织方面，还出现了以财政机关为中心将旧“伴造”部民制改编为官府长官管辖官府驻地周围的劳动者群的形式。苏我马子与太子就是如此的改组并加强了权利的物质基础，开创了官僚制机关，并着手创建以天皇著者注：过去称“大王”，这时却改称为“天皇”，详见后述。为至高无上的中央集权国家观念即倡导佛教、制定十二级官级、颁布十七条宪法、编纂《天皇记》及《国记》等历史，等等。
倡导佛教是有其政治意义的。它既可用这种超“氏”的新信仰统一贵族的思想，又使中央及地方的氏姓贵族和群众对朝廷的威力有了强烈的印象。太子和苏我马子的朝廷，以巨额的国币兴建四天王寺、法兴寺、法隆寺等与当时日本的建筑水平有天壤之别的、结构复杂又宏伟壮观的大寺院，并从朝鲜招聘了大批僧侣以及佛画、佛像和寺院建筑的专家。在这些人的教导下，还产生了外来移民血统的佛教美术家。现藏于法隆寺的释迦三尊铜像的作者鞍作鸟，就是中国血统的外来移民之孙。就这样，日本才开始创造出高超的造型艺术，产生了堪称做学术的学术。太子还亲自向高丽僧学佛经，随后甚至还能向天皇讲授。
