蒋介石于1906年冬天回国后，没有想到的是，正有好的机会在等待着他。1907年春，他得到清廷陆军部在保定创立通国陆军速成学堂并向全国各省招考生员的消息，浙江省的考场设在省城杭州，便决定报考。保定通国陆军速成学堂，是中国创办最早的全国陆军军官学校，在其基础上发展为中国近代军界赫赫有名的保定军校。这所学校，与地方各省所办的武备学堂的养成教育不同，它将各省优秀人才选拔、集中到中央实行干部教育，学生毕业后可派任到陆军部任职或分发到地方新军中任职。清政府对这所学校寄予厚望，因而每年拨付经费十多万元，其许多军官直接从欧、美、日等海外军事强国聘任，并建立了向各国派遣留学生的制度。〔22〕这所军校具有这样的重要地位并享有这样的优越条件，自然对全国投考军校的考生有极强的吸引力，其竞争也就必然十分激烈。当时，清廷陆军部规定每省考选40人，但浙江省的40个名额已被省办军事学校的保送生占去26个，全省自由报考的1000余考生角逐剩余的这14个名额。蒋介石有备而来，他有多年的经史功底，又受到新式教育的训练，既对中国传统兵法有初步的研习，又对日本等国的现代化军事有粗浅的了解，还有一次短暂的出国大开眼界的经历，因而，他能在激烈的竞争中脱颖胜出，成功考取。这样，他终于如愿得偿，1907年夏进入保定通国陆军速成学堂，学习炮兵。对于蒋介石来说，这只是他计划中的一个步骤，他下一步的目的是“希望保送到日本去学习陆军”。〔23〕
对于渴望到日本学习军事的蒋介石来说，他大概也不会料想到自己在军校的课堂上，会和日籍军医教官发生一次严重的冲突。事情是这样发生的：一天，在卫生学的课堂上，日籍军医教官在讲到微生物时，一边指着他摆放在讲桌上的一块泥土，一边说：“这块泥土，大约有一立方英寸（约十六立方公分），这里面有四亿个微生虫。”他进一步解释说：“这可以拿中国来比喻，中国人有四亿人口，就像这四亿个微生虫寄生在这块泥土中一样。”
把中国四亿人比喻为四亿条微生虫，这显然是日籍教官在课堂上面对中国学生公然对所有中国人的污蔑。日籍教官蔑视中国人的这种态度，必然引起中国学生的不满和愤怒。不过，大多数同学碍于外籍教官的权威和军校的纪律，敢怒而未敢言，忍住而已；但蒋介石却按捺不住自己心中的怒火，冲到讲台上，把那块泥土分成八块，拿出其中一块对日籍教官说：“日本的人口有五千万，在这个八分之一立方英寸的泥土中寄生的微生虫，也可以说就是日本人吗？”〔24〕一贯傲慢的日籍教官没有想到自己会遭到学生无情的反击，理屈词穷，无法为自己辩解，只好转移目标，污蔑蒋介石是革命党，并要求校方予蒋以严惩。按照校规，学生反抗教官，有被开除或软禁的危险。学校总办赵理泰了解真相后，知道错在日籍教官污辱中国的民族感情，并没有给蒋以严厉处分，只是申斥了事。蒋介石此举，赢得了赵理泰的同情与同学们的赞誉。
一个好的机会再次来临。这年冬天，清政府陆军部决定在这所陆军速成学堂的学生中选派留日陆军学生。令蒋介石感到遗憾的是，选派学生应考的资格以本学堂日文班学日语者为限，蒋介石不是该班学生，按理不能参加考试。但这个机会对蒋介石来说吸引力有多么强大，是他所无法控制的，便尝试着努力争取，直接给学校总办赵理泰写了一份因去年在日本有学过日语经历而请特许给予考试资格的报告。报告呈上后，直到考试的头一天晚上睡觉前，还没有得到批准的答复。不料，这天深夜，有一个自称是“赵总办派来的人”，通知他特准参加留日考试。在蒋看来，这就像做梦一样，出现了奇迹。显然，蒋介石那次在课堂上对日籍教官污辱中国民族感情的反击所表现的胆识，博得了学堂总办赵理泰的好感，他是有意成全这个在他看来有着强烈民族气节的年轻人。在第二天的考试中，蒋介石没有空费自己的努力，果然通过留日资格考试。这样，蒋介石终于获得了赴日留学军事的机会，而且，还是公派出国。这个机会，对于几经曲折而又梦寐以求的蒋介石来说，真是太珍贵了。可以想象，这个来自南方偏远山村的青年人此时心中的激动、自信和对未来向往的精神状态。通过考试的学生，一批能够畅通日语的学生由保定起程前往日本；蒋介石与他的同学、他发达后一直追随其左右的张群等虽能阅读日文却口语说得不好的另外这批，则先到陆军部，然后于1908年春由东北的大连乘船前往日本的神户，然后乘火车到达东京。至此，蒋介石完成了从中国浙东的一个偏远山村到东洋日本留学军事的一次飞跃，他或成或败、或荣或辱的历史，在很大程度上由这里开始了。
