担任红军学校校长兼政委的叶剑英，于11月10日又兼任了东南战区的总指挥兼政委。
他在逆境中挑起两副重担：在领导红校教育训练的同时，指挥东南战区的红军和地方武装，反击敌人的“围剿”。
11月中旬，叶剑英亲赴闽西，与福建军区纵队研究迎击敌人“围剿”的战略部署，决定在闽西、赣南广泛建立有武装、有阵地、有群众的红色据点，争取把漳坪、永安、建宁、泰宁等小块根据地连成一片。
同时还决定，抽调部分工农干部骨干，经过军区训练后，派往白区，加强白区游击队和白军中士兵工作。
他根据军委部署，指挥东南战区军民，积极开展袭敌、扰敌活动，向进犯清流、连城、龙岩之敌发起进攻，给敌以沉重打击。
叶剑英率部在东南前线开展防御作战并在兵员、物力等方面积极支援主力红军，对于取得粉碎国民党军对中央苏区第四次“围剿”的胜利，起到重要作用。
敌人的“围剿”固然对中央根据地是个极大的威胁，但是更大的困难和危机却来自革命内部。
1933年初，中共临时中央政治局因在上海无法立足，被迫迁入中央革命根据地。
临时中央负责人博古、洛甫等先后到达瑞金。
其后，共产国际派来担任中共中央军事顾问的李德亦到达中央苏区，实际上掌握了中革军委领导权。
蒋介石从1933年5月开始，又调集五十万兵力，策划对中央革命根据地进行第五次大规模“围剿”。
9月25日，蒋介石乘红一方面军主力分头作战之际，组织兵力大举进攻，直逼中央革命根据地。
中共临时中央继续推行军事冒险主义，要求红军在根据地外战胜敌人，多次下令构筑防御工事，“御敌于国门之外”，实行阵地防御。
当时兼任建宁警备区、闽赣军区司令员的叶剑英虽然对此有不同意见，但囿于组织纪律，也只好奉命组织闽赣军区和建宁警备区所属单位，构筑防御工事，建设作战基地。
他召开作战会议，领导各部队积极扩大根据地，广泛开展游击战争，部署红军主力肃清建宁、安远、梅口三区内的地主武装大刀会、保卫团等，打通建宁通往宁化的道路，保障兵站、医院的交通安全。
他夜以继日，调动各方面力量，指挥战斗。
经过一个月的艰苦努力，建宁、安远、均口、依口、官仓、梅口、鱼潭等地相继建立了革命委员会，并进行了分田活动。
作为战区司令员的叶剑英，不仅负责前线指挥，还要照顾后方供应。
他发动群众筹粮，在北线存米520多担，谷1170担，南线存粮5200多担，保障了主力红军的粮食供应。
为了打破敌人的“围剿”，叶剑英还组织福建军区野战司令部，领导地方武装开展游击战争，坚壁清野，断桥断路，骚扰敌人。
一次，敌人拼凑了一个军的兵力向我福建军区的前沿阵地龙燕镇一带和扁山要地进犯。
当时，红军只有一个师守卫在龙燕镇一带，一个团守卫在扁山。
在敌我力量悬殊的情况下，叶剑英为保存有生力量，命令部队暂时放弃龙燕镇和扁山，有计划地往福建的长汀方向退却。
他直接指挥一部分红军部队利用山地的有利地形，采取“麻雀战”的打法，牵着敌人的鼻子在山里兜圈子，伏击并全歼了敌军一个营，缴获了一批枪支弹药。
叶剑英在指挥部队转战过程中，十分重视伤病员的救护工作。
对身负重伤的指战员，只要他看到，都要亲自察看伤情，只要还有一口气，都要积极抢救。
有时自己带队负责狙击敌人，掩护伤兵员转移。
他经常教育部队说，在收容伤员时一定要仔细，不能粗心大意。
每个红军战士都是我们的阶级兄弟，只要还有一口气，我们都要设法抢救，多救出一个红军战士，就为革命多增加一份战斗力量，要爱护我们自己的阶级兄弟呀!闽西地区地形复杂，山高路险。
