1847年夏，发生伯利恒教堂丢失星章事件，负责调查的当局不能做出结论。法国政府借机大做文章，试图以此为契机插足近东。它要求土耳其根据1740年的一项条约扩大拉丁教派各种权力。俄国人则威胁土耳其不得接受法国人要挟，否则将与土耳其断绝外交关系。经过两年的谈判和宗教会议，素丹决定：耶路撒冷一切照旧，但拉丁教徒将有权掌握伯利恒的圣玛丽教堂和圣诞教堂大门的三把钥匙，法国对这个荒谬的让步表示满意。俄国不甘示弱，设法使奥斯曼帝国政府向耶路撒冷总督传达一项命令：在交出钥匙时应当向拉丁教徒讲清楚，并没有给予他们随时进入大门的权利。同时，帝国政府还须把希腊教派在圣地的一切权利记录于市法院的档案中，宣布拉丁教派的任何进一步要求都是无效的。当法国也平心静气地接受这一挑战时，俄国驻巴勒斯坦总领事要求将素丹的敕令在耶路撒冷予以公布。法国大使对此提出抗议，并且威胁帝国政府说，如果它再顺从俄国，法国就要封锁达达尼尔海峡。在帝国答应了俄国的要求后，法国并未敢将它的威胁付诸行动。在这场所谓基督教东西教派的争斗中，土耳其素丹就像一头驯服的羔羊，诚惶诚恐地听从大国吩咐，当年征服亚欧非三洲的雄风已荡然无存。
门的内格罗问题引起了新的冲突。帝国政府认为门的内格罗居民属于它的罗姆教区，但它并没有实行正式的行政管理，而是任由当地教士们管理当地俗务。这些教士的宗教头衔是大主教，但人民只称他们为“伏拉迪卡”，即统治者。1852年，伏拉迪卡彼得二世死后，其侄达尼罗放弃了教职，建立了一个独立的世袭王朝。奥斯曼政府为了维护其“帝国权威”，派了最能干的将军欧麦尔帕夏去镇压达尼罗。此事引起奥地利皇帝的关注，他派出特命全权大使，劝告伊斯坦布尔的奥斯曼素丹，行动要有所节制。俄国特使也奉命来到伊斯坦布尔，要求帝国政府和俄国签订一个特别条约来规定圣地问题，并要求它承认希腊大主教为独立的教会领袖。帝国拒绝了这些要求，沙皇尼古拉立即发表了宣言，声称由于奥斯曼政府干涉了东方各教会的权利，俄国自古就有的保卫希腊正教的使命要求他命令他的军队开入多瑙河各公国，其目的不是为了发动战争，而是为了恢复这些受到侵犯的权利。一星期后，俄国军队跨过了普卢特河，克里米亚战争爆发。
欧洲各大国调停失败后，一支法国舰队和一支英国舰队驶入了马尔马拉海，支持土耳其对俄作战。在欧洲大国干预下，俄被迫让步，1856年同奥斯曼签订巴黎条约。条约规定，克里米亚战争期间双方所占领的一切地区都归还给对方。各大国保证奥斯曼帝国的独立，并且允许它成为“欧洲大家庭”的一员，享受国际法的一切保障。达达尼尔海峡仍然像以前一样保持封闭，黑海中立化。由一个特别委员会独立管理多瑙河的航运。帝国政府答应准许摩尔达维亚和瓦拉几亚建立独立的民族政权，保证他们有信仰、立法、贸易和航运的自由，塞尔维亚也有同样的权利，但它们仍然附属于帝国政府，政府也保证了在塞尔维亚驻扎军队的权利。与此同时，俄国人放弃对以上三个东正教国家的保护。条约还对俄国人在波罗的海的权利进行了限制。这一条约遏制了俄国人在巴尔干半岛和黑海地区以及波罗的海的发展，但土耳其却在这场战争中成为西欧列强手中的一张王牌，遏制俄罗斯势力发展，维持黑海地区势力均衡的一枚砝码。
也就是在这场战争中，西方列强要挟素丹公布了新的改革诏书。在诏书中，素丹承认奥斯曼境内的基督徒享有宗教信仰的自由，不同信仰的民族在帝国内有平等地位，他们都可以同穆斯林一样入学校、从政和服兵役等。但这一诏书在穆斯林和基督教徒中并没有得到热烈响应，人们对它普遍持怀疑态度。
1860年，黎巴嫩的德鲁兹派和马龙派之间又发生了剧烈的冲突。德鲁兹派杀害了3万多基督教徒，在欧洲引起了震动。奥斯曼政府授权富阿德帕夏去镇压肇事者，法国乘机派遣出一支6万人的军队，其他国家提出了外交抗议。黎巴嫩和大马士革的法庭做出了残酷判决。英国人为了与法国对抗，反对严厉制裁德鲁兹人。在英国干预下，流放至的黎波里的德鲁兹人在后来回到了家乡。
