阿拉伯民族复兴主义者瓦哈比教派在阿拉伯半岛的反抗，有助于阿里控制下的埃及进一步控制阿拉伯半岛。瓦哈比教派兴起于17、18世纪之交，创始人瓦哈比致力于神学和法学的研究，在巴格达接受了正规的伊斯兰教教育，尊奉伊斯兰著名教法学者艾哈迈德·伊本·罕百里的教义，立志改革伊斯兰教中的弊端，在穆斯林中提倡生活的纯洁性。他遭到乡邻们的排斥，被驱逐出境，后在一阿拉伯人酋长支持下建立了一块奉行瓦哈比教义的统治区。瓦哈比及其后代被尊为这一地区的穆夫提（宗教领袖）。瓦哈比派的势力后来发展到阿拉伯半岛北部，占领了什叶派圣地卡尔巴拉、先知之城麦加以及麦地那。在麦地那定居的大批土耳其人被驱逐出境，整个汉志都落入瓦哈比派手中。阿里奉素丹之命同瓦哈比派作战，经过长达8 年的战争，于1818年打败瓦哈比人，将瓦哈比派政权领袖处决，阿拉伯半岛重新被土耳其人（实际上是埃及人）所控制。瓦哈比派的反抗并没有结束，第一次世界大战期间又发展起来，奠定了今日沙特阿拉伯的统治基础。
素丹马茂德不能容忍阿里势力在埃及和叙利亚、阿拉伯地区的发展，但他多次策划对阿里进行战争都被欧洲列强通过外交干预加以阻止。素丹还想册封阿里为埃及的世袭统治者和叙利亚沿海省终身总督，以换得阿里放弃叙利亚内地，遭到了阿里拒绝。素丹对阿里的强行进攻也遭到惨败。
马茂德去世后，新继位的素丹为了改变土耳其人在欧洲的形象，开始进行宪政改革。虽然这种改革只是徒具其表，但毕竟暂时换取了欧洲人的舆论支持。于是，欧洲开始“帮助”土耳其人解决埃及问题。事实上，欧洲列强不希望在东方有一个强大的土耳其，也不希望在红海地区看到一个强大的埃及—叙利亚联合体，这将成为西方人通向印度之间的障碍。于是，在英国首相帕默斯顿勋爵的倡议下，英法俄奥四大国举行了伦敦会议，缔结了所谓“四国同盟”（1840年），决定四大国将尽力“保证土耳其的完整”，在必要时用武力强迫阿里放弃叙利亚。当素丹政府试图进行又一次谈判失败后，素丹宣布阿里为国家的敌人，取消了他的各项职务和地位。同盟国的地中海舰队，加上帝国政府的巡洋舰和运输船在叙利亚海岸集结，向埃及发动了进攻。在黎巴嫩马龙派①的支持下，盟军围困了贝鲁特。埃及驻贝鲁特的司令官苏莱曼在给养用尽之后突围，埃及军队完全失去了斗志。盟军指挥查理斯·内皮士爵士攻陷了阿克要塞；其后，盟军舰队出现在亚历山大港，强迫阿里接受一项条约。根据条约，阿里答应交还土耳其帝国舰队并从叙利亚撤退。作为交换条件，这位海军上将答应保证阿里在埃及的世袭统治。这样，阿里实际上在各大国控制下取得了在埃及实行统治的合法性，埃及实现了对奥斯曼帝国的真正分离。
埃及问题基本解决后，整顿叙利亚的困难任务落到了帝国政府肩上。由于历史的原因，黎巴嫩的教派问题成为西方列强“关注”的热点。在欧洲大国的压力下，素丹同意黎巴嫩的伊斯兰德鲁兹派和基督教马龙派分而治之。1842年，黎巴嫩被分成两个行政区，分别由德鲁兹派和马龙派选出其代理人，称为摄政。在两种人杂居的地区，两摄政各任命一个副手。由于各大国仍要德鲁兹人赔偿1842年战乱造成的破坏，1845年内战重新爆发。帝国政府将双方都解除了武装，在两个摄政之外另设一个有行政和司法权、由各阶层居民代表组成的委员会。但西方列强并不满足，他们继续利用宗教和民族问题，进一步涉足奥斯曼事务。
首先是耶路撒冷问题，这是犹太教、基督教和伊斯兰教共同尊为圣地的古老城市，有众多的宗教派别。六个历史悠久的基督教派别，即罗马天主教（拉丁教派）、希腊教派（东正教）、亚美尼亚教派（聂斯脱利教）、叙利亚教派、哥普特教派（埃及一性派）和阿比西尼亚教派（一性教派），长期共存于土耳其地方政府的统治下。其中后三个教派因其势力弱而求助于亚美尼亚教派的保护，亚美尼亚教派因其在东方金融界的实力而成为奥斯曼帝国所不能缺少的臂助。而希腊正教派在奥斯曼帝国内数量上占优势（约1000万人），加之受到俄国保护，其势力大于其他教派。拉丁教派的神父大多是西班牙人和意大利人，享受着外交豁免权，并受到法国外交部的保护。各基督教派共同占有一所圣墓教堂，经常为使用教堂问题而发生冲突斗殴，而且每每求助于当地穆斯林政府来裁决，复活节期间常须有一个土耳其卫兵在教堂中维持秩序。
