同仁堂的原料和成品药经常是大进大出的，库房决不能少，因此，还设有药库、成药库、酒库、细料库等。细料库存有牛黄、麝香、冰片、珍珠、朱砂、人参、羚羊角等贵重药材。
在当时，只有实力雄厚的药铺才采用这种“前店后厂”的形式，而以同仁堂的制药作坊为最全，制作也最精良。乐凤鸣为什么要建制药作坊呢？
原来，这种前店后场的好处是自产自销，产销可以及时沟通，避免压货，又可以降低运输成本。不过，同仁堂采用这种方式还有更深层的原因。
当年乐显扬利用太医院的有利条件，发掘和整理了许多古方、宫廷秘方、家传秘方、民间验方。乐凤鸣虽然为了应付科举，不得不读四书五经，可是他自幼受父亲的影响，也研读过大量的方书。自从他决意转向“济世养生”的医药事业后，更是集中精力研究各类医药方面的典籍，尤其是父亲整理过的药方。后人曾这样评价他:“自国初诸各医循流溯源，上逮歧伯黄帝之属，凡古方适用者，无不细心考究，炮制必依古法，购料不惜重赀……”
由乐显扬和乐凤鸣整理出的经典方剂共三百六十三种，其中有牛黄清心丸、女金丹、苏合香丸、紫雪等。
自古以来，人们都说“一方难求”，只有高水平的处方才会有高水平的药，中药店铺都明白这个道理。因此，那些自产自销的大药店都有自己的处方集，称为“配本”，内中有本店所产药物的处方、炮制方法等。俗话说，“外行看热闹，内行看门道”。一位行家能从中看出这家药店实力如何，前景怎样，有没有自己的“绝活”，也就是有他人没有的秘方，自然也就能拆解其中的奥秘和绝招，所以各家的配本都秘不示人。
乐凤鸣经过五年含辛茹苦的研究，将乐家世世代代掌握的药方汇集成配本，名为《同仁堂乐氏世代祖传丸散膏丹下料配方》。其中丸、散、膏、丹分门别类，既详尽又易于翻查。这些药方基本上来自四个方面：古方、宫廷秘方、家传秘方和民间验方。要将这些药投产，就得有自己的作坊。
当时药品的生产和销售比较混乱，同一种药名，会有多种药；同一种药，又会有多种药名。此外，还有同一种药由多家生产的情况。不过，那时没有统一的药典，因此各家所用原料不同，炮制方式不同，药效也大不一样。《同仁堂乐氏世代祖传丸散膏丹下料配方》中详细记载了每种药的配方、规格、用量、粗细料的配比以及单味药的炮制要求，哪种该切，哪种该炙，哪种该炒，确实是中医药学的一部经典。为了保证这些药方的疗效，同仁堂也必须有自己的作坊。
建店难，制药难，求良方更难，但最难的是怎么才能保证同仁堂的产品质量上乘，经久不变。乐凤鸣为此制定了许多严格的规定。
首先，他要求药工严格按配本制作，也就是要敬“遵肘后”。“肘后”指晋代葛洪所著《肘后救卒》（又名《肘后方》、《肘后备急方》、《肘后救急方》等）。敬“遵肘后”的意思就是要严格依方配制，不得任意更改。
对药材，他坚持“取其地，采其时”，如人参必用吉林产的，山药必用河南的光山药，枸杞必用宁夏所产。
同仁堂对药材的加工炮制更是一丝不苟，不仅吸收了《雷公炮炙十七法》的长处和明代陈嘉谟提出的水制、火制、水火共制三类方法，还有自己的发展和独创。如鹿茸去毛，一般都是用火燎，同仁堂却是用“酥炙”，就是涂上酥油，再用火炙，这样既可助药力，又不会伤茸；又如黄连，必须一根一根地去掉须根；制造“安坤赞育丸”的“丝绵炭”，必须专门购进高档丝棉，再用特殊工艺煅成。自道光之后，同仁堂就只从老字号“八大祥”之一的“谦祥益”绸布店进地道的南方产高级丝棉了。
